行政协议因其具备行政性与协议性，在签订、履行、以及发生纠纷时的法律适用通常具有双重属性——适用行政法规范和民法规范。其中一旦发生纠纷决定起诉时，最初始也最关键的问题便是：起诉有没有在期限内？期限是起诉期限还是诉讼时效？

关于这个问题，《最高人民法院关于适用<中华人民共和国行政诉讼法解释》（以下简称《行政诉讼法解释》）以及2020年最高法出台的《关于审理行政协议案件若干问题的规定》进行了相应规定。通常分为以下三类情况：

请求确认行政协议无效

根据《行政诉讼法解释》第九十四条规定，“公民、法人或者其他组织起诉请求撤销行政行为，人民法院经审查认为行政行为无效的，应当作出确认无效的判决。公民、法人或者其他组织起诉请求确认行政行为无效，人民法院审查认为行政行为不属于无效情形，经释明，原告请求撤销行政行为的，应当继续审理并依法作出相应判决；原告请求撤销行政行为但超过法定起诉期限的，裁定驳回起诉；原告拒绝变更诉讼请求的，判决驳回其诉讼请求。”

根据该条规定可知，无效的行政行为，自始绝对无效，当事人对无效的行政行为可以随时起诉请求确认行为无效，不受起诉期限的限制。但需要注意的是，若人民法院审理过后认定行政行为不属于《行政诉讼法》及《民法典》规定的无效行为情形，则会涉及到释明并告知原告可以变更诉讼请求的问题；此时如果原告决定变更诉讼请求为撤销行政行为的，则需要受到起诉期限的限制。

请求行政机关履行行政协议以及对行政机关解除、变更行政协议的起诉

关于行政协议的履行以及变更、解除，《关于审理行政协议案件若干问题的规定》第二十五条这样规定，“公民、法人或者其他组织对行政机关不依法履行、未按照约定履行行政协议提起诉讼的，诉讼时效参照民事法律规范确定；对行政机关变更、解除行政协议等行政行为提起诉讼的，起诉期限依照行政诉讼法及其司法解释确定。”很明显，该条款将履行协议和行政机关解除、变更行政协议进行了区分。

（1）对行政机关不履行行政协议的行为提起诉讼的，适用民事法律规范的规定，即适用诉讼时效的规定。诉讼时效的期间为自当事人知道或者应当知道权利被侵害时起算，且诉讼时效因一方当事人提出要求或者主张权利而中断，诉讼时效期间重新起算。

（2）对行政机关主动变更、解除行政协议的行为提起诉讼的，更注重体现行政协议的行政性，行政机关基于行使行政优益权对行政协议予以变更或者解除，属于行政行为，因此对该行为的起诉适用行政诉讼法规定的起诉期限。

请求撤销、变更行政协议

若当事人认为签订行政协议存在欺诈或者胁迫等情形，起诉撤销或者变更行政协议内容的，也要适用民事法律规范。但行使撤销权的期限，民事法律规范中的规定也并非是诉讼时效，而是除斥期间。关于除斥期间，《民法典》规定，权利人行使撤销权应当自知道或者应当知道撤销事由之日起一年内行使，且不存在中止、中断或延长的情形，超出该期间即丧失撤销权的行使权利。