根据《增值税会计处理规定》，差额征税的会计处理会涉及到“应交税费-应交增值税（销项税额抵减）”和“应交税费-转让金融商品应交增值税”两个科目。“应交税费-转让金融商品应交增值税”主要是用于企业转让金融商品按照盈亏相抵后的余额作为销售额的差额征收项目，“应交税费-应交增值税（销项税额抵减）”用于其他一般计税法下的差额征税项目。

转让金融商品的差额征税项目

关于转让金融商品差额征税的具体规定，营改增的文件规定如下：

金融商品转让，按照卖出价扣除买入价后的余额为销售额。

转让金融商品出现的正负差，按盈亏相抵后的余额为销售额。若相抵后出现负差，可结转下一纳税期与下期转让金融商品销售额相抵，但年末时仍出现负差的，不得转入下一个会计年度。

因此，企业当期转让金融商品盈亏相抵后，如果存在转让收益，需要缴纳增值税，会计分录是借记“投资收益”，贷记“应交税费-转让金融商品应交增值税”，实际缴纳时，借记“应交税费-转让金融商品应交增值税”，贷记“银行存款”。

如果金融商品盈亏相抵后出现亏损，则增值税可结转下月抵扣税款，会计分录是借记“应交税费-转让金融商品应交增值税”，贷记“投资收益”。

年末，如果仍然是亏损状态，即“应交税费-转让金融商品应交增值税”科目在借方，则应当将该科目结转至“投资收益”科目，而不允许在下一个会计年度进行抵扣。

其他差额征税项目

1.一般计税法

一般计税法下，企业发生相关成本费用允许扣除销售额的，发生相应的成本费用时，会计分录是借记“主营业务成本”、“存货”等，贷记“应付账款”、“银行存款”等，取得合规扣除凭证，允许在销售额中扣除时，会计分录是借记“应交税费-应交增值税（销项税额抵减）”，贷记“主营业务成本”、“存货”等。

如果企业采用差额征税功能开具发票，则直接按照票面的增值税税额计入“应交税费-应交增值税（销项税额）”，会计分录是借记“银行存款”、“应收账款”等，贷记“主营业务收入”和“应交税费-应交增值税（销项税额）”。

2.简易计税法

简易计税法下，发生相应的成本费用时，会计分录是借记“主营业务成本”、“存货”等，贷记“应付账款”、“银行存款”等，取得合规扣除凭证，允许在销售额中扣除时，会计分录是借记“应交税费-简易计税”，贷记“主营业务成本”、“存货”等。

如果企业采用差额征税功能开具发票，则直接按照票面的增值税税额计入“应交税费-简易计税”，会计分录是借记“银行存款”、“应收账款”等，贷记“主营业务收入”和“应交税费-简易计税”。

举例，某劳务派遣公司（适用简易计税方法），当月收到其他公司支付的员工工资及五险一金300万，手续费15万，该公司选择差额计税。

（1）全额开具普通发票：

收到对方款项时：

借：银行存款 315

贷：主营业务收入 300

应交税费-简易计税 15

支付员工五险一金时：

借：主营业务成本 285.71(=300/1.05)

应交税费-简易计税 14.29(=300/1.05*0.05)

贷：银行存款 300

支付税款时：

借：应交税费-简易计税 0.71

贷：银行存款 0.71

（2）按照差额征税功能开票

收到对方款项时：

借：银行存款 315

贷：主营业务收入 314.21

应交税费-简易计税 0.71(=(315-300)/1.05*0.05)

支付员工五险一金时：

借：主营业务成本 300

贷：银行存款 300

支付税款时：

借：应交税费-简易计税 0.71

贷：银行存款 0.71

从上述两种会计处理中，可以看出，方式一最终确认利润14.29万，由于全额开具普票，对方不得抵扣进项；方式二最终确认利润14.21万，差额部分开具增值税专用发票，对方可以抵扣0.71万的增值税。