企业代扣代缴员工个人所得税时，可以从税务机关取得个人所得税总额2%的手续费返还，企业如果不知道就亏大了，当然当中又涉及到财务人员该如何账务处理与税务处理。
一、什么是“三代”手续费
《关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》（财行【2005】365号）规定，可申请手续费返还的范围包括：代扣代缴、代收代缴和委托代征的手续费。
“三代”手续费具体范围如下：
代扣代缴：是指税收法律、行政法规已经明确规定负有扣缴义务的单位和个人在支付款项时，代税务机关从支付给负有纳税义务的单位和个人的收入中扣留并向税务机关解缴的行为。
代收代缴：是指税收法律、行政法规已经明确规定负有扣缴义务的单位和个人在收取款项时，代税务机关向负有纳税义务的单位和个人收取并向税务机关缴纳的行为。
委托代征：是指税务机关根据《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》有利于税收控管和方便纳税的要求，按照双方自愿、简便征收、强化管理、依法委托的原则和国家有关规定，委托有关单位和人员代征零星分散和异地缴纳的税收的行为。
《办法》规定，所称税务机关，是指县以上（含本级）税务局。所称代征人，是指依法接受税务机关委托、行使代征税款权利并承担《委托代征协议书》规定义务的单位或人员。
在企业所得税、增值税等纳税范围中，只要企业属于法定的扣缴义务人，履行了代扣代缴、代收代缴税款义务之后，都可以按照规定申请手续费返还。其中代扣代缴个人所得税的手续费，几乎是每家企业都会涉及，都可以申请的。
二、手续费返还申请的特殊情况
1、《国家税务总局关于印发<个人所得税代扣代缴暂行办法>的通知》（国税发【1995】65号）的规定，第四条 扣缴义务人向个人支付下列所得，应代扣代缴个人所得税：
（一）工资、薪金所得；（二）对企事业单位的承包经营、承租经营所得；（三）劳务报酬所得；（四）稿酬所得；（五）特许权使用费所得；（六）利息、股息、红利所得；（七）财产租赁所得；（八）财产转让所得；（九）偶然所得；（十）经国务院财政部门确定征税的其他所得。
因此，个人合伙企业个人投资者按照 “个体工商户生产、经营所得”缴纳的个人所得税不属于代扣代缴的范畴，不得申请手续费返还。
2、根据国家税务总局《个人所得税代扣代缴暂行办法》（国税发【1995】065号）的规定，由税务机关查出，扣缴义务人补扣的个人所得税税款，不向扣缴义务人支付手续费。
3、代扣代缴的城市建设维护税属于“税”，在申请范围之内；而教育费附加不属于“税”，属于“费”，不在申请范围之内。
三、“三代”手续费的涉税事项
1、企业所取得的手续费返还是否需要缴纳增值税。根据国家税务总局口径，国家税务总局12366纳税服务平台2017年01月17日答疑：
问：企业代扣代缴个人所得税取得的2%手续费返还是否缴纳增值税？
回复：按照目前营改增政策相关规定，纳税人代扣代缴个人所得税取得的手续费收入应属于增值税征税范围，应缴纳增值税。
由此，三代手续费均是按照代理经纪服务征收增值税，小规模企业3%，一般纳税人6%。
但各省份口径不同，比如深圳、内蒙古、福建、厦门、大连、安徽、辽宁国税出的指导文件，就规定“代扣代缴个税的手续费返还应按照“商务辅助服务-经纪代理服务”缴增值税”；而湖南、湖北国税明确，个税手续费返还，不缴增值税。因此在实际操作上，参考各地税务机关的规定，如果企业所在的省市税务机关没有政策明确是否征收增值税，此时要按照国家税务总局口径以征税为准。
2、根据《中华人民共和国企业所得税法》和《中华人民共和国企业所得税法实施条例》有关规定：企业代扣代缴个人所得税取得手续费收入应缴纳企业所得税。
3、个税返还手续费用来奖励给个人免交个人所得税。
根据《关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》（财行[2005]365号）文第六条第六款规定，单位所取得的手续费收入应该单独核算，计入本单位收入，也可以适当奖励相关工作人员。
简而言之就是：企业收到的个税手续费返还处理方法有两种，一种是可以计入企业当期收入，如实缴纳流转税即可；一种是奖励给财务工作人员，那奖励给财务人员是否需要计入当月工资缴纳个税呢？根据《关于个人所得税若干政策问题的通知》（财税【1994】20号）第二条规定，下列所得，暂免征收个人所得税：（五）个人办理代扣代缴税款手续，按规定取得的扣缴手续费。
因此，办理代扣代缴手续的相关人员获得个税手续费返还奖励的，无需交个税。如果公司将此款项改变用途，奖励给非相关人员则应并入员工当期工资薪金计征个税。
四、个税手续费返还的账务处理
1、企业收到个税手续费返还计入其他业务收入，用于奖励办税人员则计入其他业务支出。
（1）企业收到个税手续费
借：银行存款
贷：其他业务收入
应交税费-增值税（销项税）
（2）用于奖励办税人员
借：其他业务支出
贷：银行存款/现金
2、当然有些企业直接挂往来，不确认收入，发放时候直接冲销往来，适用于不需要缴纳增值税的省份。
（1）企业收到个税手续费
借：银行存款
贷：其他应付款
（2）用于奖励办税人员
借：其他应付款
贷：银行存款/现金
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