同时.科技创新对经济社会发展的支撑作用日益体现在服务上，基于高技术和支撑科技创新的生产性服务业等新兴服务业态不断涌现，包括电信增值服务业、网络信息服务业、现代物流业、软件和信息技术服务业、知识产权服务业、科学研究技术服务业、专业技术服务/科技推广和应用服务业、工程技术服务业.科技中介和科学普及服务业、文化创意和设计服务业.养老健康服务业等高技术服务业呈现出良好发展势头，高技术服务业高新技术企业数量逐渐增多，2012年高技术服务业高新技术企业共有9331家，占全部企业的20.59%。
但是，目前高新技术企业仍存在一些亟须改善的问题，主要表现为：
一是高新技术企业拥有的专利质量有待提高。根据统计，新认定高新技术企业所拥有的知识产权中，以实用新型专利居多，发明专利的占比相对较少，发明专利平均拥有量从2010年起则保持基本不变的状态，每家企业平均拥有0.7件发明专利。2012年全部高新技术企业的户均拥有发明专利数是4.12件，不及户均拥有专利数18.20件的1/4。
二是内资高新技术企业与外资高新技术企业在技术创新上还存在较大差距。内资高新技术企业的科技投入还是低于外资高新技术企业，2012年，内资高新技术企业的户均科技投入是1589.29万元，比外资高新技术企业低1000多万元；内资高新技术企业的户均研发投入是830.18万元，只有外资高新技术企业的大约一半。另外，内资高新技术企业的创新产出效率也低于外资高新技术企业。2012年，内资高新技术企业户均拥有专利数是17.1件，而外资高新技术企业是24.15件，其中：内资高新技术企业户均拥有发明专利3.65件，远低于外资高新技术企业的6.63件；内资高新技术企业户均当年专利申请8.67件，而外资高新技术企业则为11.2件。
三是高新技术企业所得税优惠政策在部分地方的落实力度还有待加强。虽然目前享受到所得税优惠政策的高新技术企业数量占比一直在提高，不过从调查统计结果来看，享受到高新技术企业所得税优惠政策的企业数量也只占净利润大于零高新技术企群体的50%左右，还有超过40%的高新技术企业由于各种原因不能享受到所得税减免10%的优惠，影响了高新技术企业相关政策的实施效果发挥。
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