非税收入的审计应从收缴和支出两方面入手，收入和支出是密不可分的，既可以从收入看支出的使用分配，也可以从支出效益来分析收入分配的合理性。
一、非税收入收缴审计
一是摸清总体情况。根据财政部门提供的数据了解地方非税收入规模和结构（预算内、基金、预算外），分部门分项目列出非税收入重点部门和收费项目的排序，根据政府收支分类科目分析非税收入是否存在应缴国库却未缴库的情况，从总体管理上，对非税收入进行摸底排查。
二是审查非税收入项目的合法性。即审查各项非税收入项目的设立是否符合规定。
三是审查非税收入的收费标准、收费范围、收费对象。审计中根据单位开出的收费票据，依据其《许可证》核对其收费标准、收费范围、收费对象，看有无擅自提高标准的问题。查阅“国务院关于第×批取消和调整行政审批项目的决定”，看有无已经取消的行政收费项目仍在收费的情况。
四是从非税收入政策执行看有无擅自批准减免非税收入、擅自延长减免非税项目期限；有无停征应征非税项目；有无随意设立非税收入项目；有无采取抵扣或降低收费标准的办法减少非税收入；有无擅自将非税收入项目转为经营性收入项目等问题。
五是从非税收入收缴审计方式来看，从账户入手审查非税收入。账户是非税收入的载体，在审查账户时一般有以下六方面：由被审计单位提供有关账户情况；向业务相关人员了解情况；审查银行账簿、银行对账单；对其关联单位和下属单位进行延伸审计；由人民银行协助提供执收单位的开户银行；通过查看被审计单位代码证书了解开户情况。
二、非税收入管理、支出审计
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