我们知道，营业税属于价内税，而增值税属于价外税，营改增后，纳税人转让房地产的土地增值税应税收入不包含增值税，这一点与营业税是不一样的。房地产企业一般纳税人根据项目的开工日期不同，增值税计税模式又分为简易计税和一般计税。
适用增值税一般计税方法的纳税人，其转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税销项税额；适用简易计税方法的纳税人，其转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税应纳税额。
一、土增税预征收入的确认
（一）《关于营改增后土地增值税若干征管规定的公告》（国家税务总局公告2016年第70号）第一条提到，房地产开发企业采取预收款方式销售自行开发的房地产项目的，可按照以下方法计算土地增值税预征计征依据：土地增值税预征的计征依据=预收款-应预缴增值税税款
大家要注意的是税法里两个字的区别。第一个：“可”，指可以的意思，有选择的余地。第二个：“应”，在税法里是必须的意思，也就是说我们没的选择。
因此，在70号公告里列示的土地增值税预征计征依据，我们是可以选择参考，而不是必须使用。
那大家可能问，如果不按照70号公告的方法，还有什么方法可用吗？
2016年8月8日，原广州地税局发布了《广州市地方税务局关于印发2016年土地增值税清算工作有关问题处理指引的通知》（穂地税函〔2016〕188号）第一条“营改增后土地增值税相关问题处理”，给出了广州口径，土地增值税预征的计征依据按照不含税销售额计算，即土地增值税预征的计征依据=含税销售收入÷（1 征收率/税率）。
根据两个文件的口径，推导对比如下：
对比发现，即70号公告推荐的方法计算的土增税预缴金额大于方案二金额。因此，企业在预缴时可以结合当地的规定，选择处理。
二、土增税清算收入的确认
对于一般计税项目，销项税额计算应根据国家税务总局公告2016年18号第四条规定，
销项税额=（含税销售收入-当期允许扣除的土地价款）/（1 税率）*税率
则可以推导出，土地增值税清算收入=（含税销售收入-销项税额）=(含税销售收入＋本项目土地价款×税率)/(1＋税率)
从公式中可以看出，在计算土地增值税清算收入，又加上了土地价款产生的销项税金
穂地税函〔2016〕188号文件总结为，纳税人按规定允许以本项目土地价款扣减销售额而減少的销项税金，应调增土地增值税清算收入。
注意这里只调增清算收入、但是在计算土地增值税扣除项目时不调减土地成本。
《财政部 国家税务总局关于营改增后契税 房产税 土地增值税 个人所得税计税依据问题的通知》（财税[2016]43号）第三条规定，《中华人民共和国土地增值税暂行条例》等规定的土地增值税扣除项目涉及的增值税进项税额，允许在销项税额中计算抵扣的，不计入扣除项目，不允许在销项税额中计算抵扣的，可以计入扣除项目。文件并没有提到扣除项目中销项税额的处理。
根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》及其实施细则的规定，土地增值税税前扣除的土地成本为纳税人取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定缴纳的有关费用。因此，不调减土地成本符符合国家关于营改增后税负只减不增的总体要求。
三、企业所得税收入的确认
在确认企业所得税收入时，应根据《财政部关于印发<增值税会计处理规定>的通知》（财会〔2016〕22号）关于差额征税的账务处理规定：借记“应交税费—应交增值税（销项税额抵减）”，贷记“主营业务成本”等科目。相当于在企业所得税处理时，收入按照不含税收入计算，但要调减土地成本，与土地增值税处理时存在着明显的差异。
企业在项目税负模拟测算时，只有搞清各项收入确认基数，测算才有可能准确。
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