一、复议维持案件，税务机关不得以第三人身份参加诉讼
《意见》第4条，如何理解《最高人民法院关于适用<中华人民共和国行政诉讼法>的解释》（以下简称《适用解释》）第二十六条第二款关于原告不同意追加被告，人民法院通知其以第三人身份参加诉讼的规定。
答：应当追加被告而原告不同意追加的，人民法院应当通知该行政机关以第三人身份参加诉讼。这是诉讼法的一般原理。行政诉讼中的例外情形，仅仅是复议决定维持原行政行为，复议机关与作出原行政行为的机关为共同被告的情况下，原告仅仅起诉复议机关或作出原行政行为的机关，人民法院应当追加未被起诉的一方为共同被告，不得通知该行政机关以第三人身份参加诉讼。
税务行政案件中，税务机关与纳税人产生纳税争议，需先向税务机关申请行政复议后才能进入行政诉讼程序，也就是“复议前置程序”。《行政诉讼法》第二十六条第二款规定，“经复议的案件，复议机关决定维持原行政行为的，作出原行政行为的行政机关和复议机关是共同被告。”再根据《适用解释》第二十六条第二款的相关规定，行政机关作为共同被告的属于人民法院追加第三人的除外情形。也就是说，在税务案件中，属于复议维持案件的，作出原行政行为的税务机关与维持复议的复议机关为共同被告，此种情况下，税务机关不得作为第三人参加行政诉讼。
二、发回重审或指令继续再审案件，应当再给被告一次举证机会
《意见》第10条，发回重审或指令继续再审案件，是否应当再给被告一次举证的机会。
答：发回重审或指令继续审理案件，重审或继续审理的人民法院按照一审程序审理，应当给予被告举证的机会。
理由：无论是撤销一审判决发回重审，还是撤销一审裁定指令重新审理，回到一审后，都是一个新的案件，人民法院应当按照行政诉讼法规定的一审程序，给予被告举证的机会。否则，人民法院无法对被诉行政行为合法性进行有效审查，难以实质化解行政争议。
税务案件较之于一般行政类案件具有专业性强、事实难以查清、证据难以收集等特点，因此，税务行政诉讼类案件发回重审的情况并不少见。案件一旦发回重新审理或者指令继续审理，法院不应流于形式对案件不进行全面审查，被告在庭审过程中应当享有充分举证的权利，充分保障被告的诉讼权利，保证庭审的公正。
三、纳税争议案件经复议后，人民法院不予立案的情形
《意见》第10条，复议前置案件中，复议机关不予受理或者逾期不作出复议决定的，当事人直接起诉原行政行为的，人民法院是否应当受理。
答：复议前置案件中，复议机关不予受理或者逾期不作出复议决定的，当事人只能对复议机关的不受理行为或不履行行政复议法定职责行为提起行政诉讼，直接起诉原行政行为的，不符合法定起诉条件，人民法院应当裁定不予立案。
公民、法人或者其他组织不服复议决定的，无论是选择起诉复议决定，还是原行政行为，都应当按照行政诉讼法第四十五条规定，在收到复议决定书之日起十五日内向人民法院提起诉讼；复议机关逾期不作出决定的，应当在复议期满之日起十五日内向人民法院提起诉讼、法律另有规定的除外。另外，行政诉讼法第四十六条规定的六个月起诉期限只能适用于未经复议直接起诉被诉行政行为的情况。
四、复议机关改变原行政行为的，作出原行政行为的税务机关可不列为第三人
《意见》第16条，行政复议机关改变原行政行为单独作被告的案件中，作出原行政行为的机关是否应列为第三人。
答：复议机关改变原行政行为单独作被告的案件，作出原行政行为的机关与被诉复议决定有利害关系，人民法院可以通知其作为第三人参加诉讼。但是，作出原行政行为的机关是代表国家行使职权，没有自己的利益，一审未通知其参加诉讼，不属于遗漏必须参加诉讼的当事人应当发回重审的情形。
在税务行政复议案件中，复议机关改变原行政行为的，法院应当鼓励作出原行政行为的税务机关作为第三人参加诉讼。但是，作出原行政行为的税务机关不是独立的利益主体，其作出的原行政行为不是为了自身利益，且与复议机关的利益是一致的，复议机关作为上一级机关，完全可以替代原税务机关。所以，即便作出原行政行为的机关未参加行政诉讼，也不能认定为遗漏参加诉讼的第三人，判决撤销一审判决，发回重审。
五、税务行政诉讼案件中，败诉方承担对方当事人律师费等缺乏法律依据
《意见》第18条，行政诉讼中判决败诉方承担对方当事人律师费、差旅费、误工损失、缺乏法律依据。
六、行政协议中约定的义务，依据法律、法规，参照规章进行审查
《意见》第20条，行政协议中的约定义务，是否需要进行合法性审查。
答：行政机关在行政协议约定义务，属于行政机关签订行政协议的行为。行政机关签订行政协议行为是否合法，应当依照行政诉讼法的规定，依据法律、法规，参照规章进行审查，不能根据合同法关于合同的有效性规定进行审查。行政机关在其自由裁量权范围内实施的行政协议行为，才是合法有效的。
近些年来，税收遵从协议在税务实践中被不断地运用。2009年，国家税务总局将纳税服务的目标确定为“始于纳税人需求，基于纳税人满意，终于纳税人遵从”，纳税人税法遵从度的提高越来越被国家所重视，逐渐成为我国税收征管工作中的重心之一。2011年，国家税务总局发布《大企业税收服务和管理规程（试行）》，承认税收遵从协议的合法性，明确其目标之一就是为了提高税法遵从度。管理规程还明确了税法遵从协议的签订实施、监管、税源监控、风险识别和风险评估等各方面的内容，确立了税法遵从在我国税收征管工作中适用的规则。根据国家税务总局印发的国税发2011年71号文中第四节关于税收遵从协议的签订和实施的内容来看，第十七条规定，“税务总局与企业集团在自愿、平等、公开、互信的基础上，签订税收遵从协议，共同承诺税企双方合作防控税务风险”；第十八条规定，“税务机关根据企业内控体系状况及税法遵从能力，经与企业协商，确定是否与企业签订税收遵从协议。”71号文不仅规定了税企双方签订税收遵从协议所秉承的原则，而且还确定了各方享有的权利和应当履行的义务。税收遵从协议作为税务机关提高纳税人税法遵从的新型执法方式，在为大企业提供纳税服务，提高企业遵从度方面发挥了较为积极的作用。
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