根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》及实施细则相关规定：

转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人，应当依照本条例缴纳土地增值税。

转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入，是指以出售或者其他方式有偿转让房地产的行为，纳税人转让房地产所取得的收入，包括货币收入、实物收入和其他收入。

那么，房地产开发企业土地增值税清算时，出现以下三种情形该如何确认土地增值税收入呢？

情形一、全额开具商品房销售发票

案例1 某房地产有限公司销售给甲公司一栋商用办公楼，合同总金额1200万元（不含税），发票开具不含税金额也是1200万元，但甲公司尚有100万元的购房款一直未支付。那么在进行土地增值税清算时，该房地产公司收入额应按多少确认？

根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）规定：

土地增值税清算时，已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入。

该房地产公司销售的商品房虽然未全额收到购房款，但因按全额开具了商品房发票，因此应按照不含税价格1200万元确认土地增值税收入。

情形二、未开具发票或未全额开具发票

案例2 某房地产有限公司销售了两套商品房，甲套商品房合同金额200万元（不含税），由于客户只交了首付款30%，因此发票也只开了60万元；乙套商品房合同金额150万元（不含税），客户同样只交了首付款30%，但该房地产公司尚未开具发票。那么在进行土地增值税清算时，针对甲、乙两套商品房收入额应按多少确认？

根据 《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）规定：

未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。

因此，该房地产有限公司销售的甲乙两套商品房，合同总金额合计350万元（不含税），虽然客户只交了首付款，房地产公司仅开具了部分发票，但在进行土地增值税清算时，按上述规定，则应按照合同约定的总金额350万元（不含税）确认为土地增值税收入。

情形三、销售合同面积与实际测量面积不一致

案例3 某房地产开发有限公司与客户签订商品房销售合同，销售合同所载商品房面积为120平方米，房屋达到交付条件后，经有关部门实际测量后发现面积为126平方米，针对该问题经与客户协商后，客户补缴了6万元（不含税）的购房款。那么，针对客户补缴的6万元（不含税）购房款在土地增值税清算时收入额如何确认？

根据 《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）规定：

销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。

因此，该房地产开发有限公司收到的客户补缴的6万元（不含税）购房款，在土地增值税清算时应予以调整。