1. 性质不同；自然人代开是个人性质，个人独资企业是公司性质。自然人代开进行业务是属于以个人名义，而个人独资企业是以组织形式去进行业务，比如像中心、营业部，工作企业室等命名的组织形式。
个人2. 开票；自然人代开只能开具属于增值税普通发票全年500万以内，而个人独资企业却可以开具增值工商户税普通发票和专用发票，其吗开票工商户额全年不超过500万。
3. 对公账户；自然人代开无需开具对公账户，直接支付给个人，而个人独资企业则需要开具对公账户，对公账户收款纳税人。
4. 汇算清缴；自类型然人代开一票完税无需汇算清什么缴，二次缴纳，直接按照开个体票额的税点缴纳就可。而个人独资企业是类型需要进行汇算清缴的，不过个纳税人人独资企业不需要缴纳企业所得税，只需要缴纳生产经营的企业个人所得税，所以个人独资企业的汇算清缴也不是我们通常说的企业所得税汇算清缴，
5. 税负不同；小规模在税收优惠政策的园区、洼地中实行自然什么人独资企业代开，增值税1%、附加税0.06%、个人个人经营所得税0.5%，综合税率1.56%，而在税收优惠政策的园区、洼地中小规模设立个人独资企业，增值税独资企业1%个体、附加税0.06%、个人经营所得税0.6%，综合税率1.6吗6%。
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