一、“土地滞纳金”的由来
作为房地产企业通过招拍挂方式取得土地使用权的过程中，房地产企业与国土资源局签订《国有土地使用权出让合同》时，其中违约责任的条款中，约定受让人逾期缴纳土地出让金，每日按延迟支付款项的1‰向出让人缴纳滞纳金；出让人未按时提供土地使用权的，每延期一日，出让人按照受让人已经支付的土地出让金的1‰，向受让人给付违约金。
通过分析《国有土地使用权出让合同》中的违约责任条款，我们可以看出国土资源局收取的土地滞纳金，实质就是因为房地产违约而产生的，故房地产企业缴纳的土地滞纳金应作为违约金性质处理。
二、企业所得税处理
1、税法文件规定：《企业所得税法》第十条规定：“在计算应纳税所得额时，下列支出不得扣除：（一）向投资者支付的股息、红利等权益性投资收益款项；（二）企业所得税税款；（三）税收滞纳金；（四）罚金、罚款和被没收财物的损失；（五）本法第九条规定以外的捐赠支出；（六）赞助支出；（七）未经核定的准备金支出；（八）与取得收入无关的其他支出。”
2、地方答疑回复：（河南省税务局回复）土地出让金滞纳金属于违反《土地出让合同》产生的违约金，不属于罚金、罚款和被没收财物的损失，可以在企业所得税前扣除。
本文观点：房地产企业缴纳的土地滞纳金，属于违约性质，不属于罚金性质，结合企业所得税文件规定，可以在企业所得税前扣除。
三、土地增值税处理
1、税法文件规定：《土地增值税暂行条例实施细则》（财税字[1995]6号）第七条第（一）项规定，取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。
2、地方答疑回复：
（1）《厦门市房地产开发企业土地增值税清算管理办法》（厦地税发[2010]16号）规定，纳税人为取得土地使用权所支付的契税计入“取得土地使用权所支付的金额”，准予扣除。对纳税人逾期开发补缴的土地出让金，允许计入为取得土地使用权所支付的款项，准予扣除，但纳税人缴纳的土地闲置费、滞纳金和罚款不得扣除。
（2）（安徽省税务局回复）根据安徽省地方税务局公告2017年第6号规定：“第三十四条 土地增值税清算扣除项目包括：
（一）取得土地使用权所支付的金额。
（二）房地产开发成本，包括：土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用。
（三）房地产开发费用。
（四）与转让房地产有关的税金。
（五）国家规定的其他扣除项目。”
根据上述规定，贵公司交纳的土地出让金滞纳金，在土地增值税清算时，不属于可扣除项目。
本文观点：房地产企业缴纳的土地滞纳金不属于为取得土地使用权所支付的金额，在土地增值税清算时，不能作为土地成本在土地增值税前扣除。
三、账务处理
房地产企业在核算房地产开发成本时，设置“开发成本-土地征用及拆迁补偿费”明细科目，该科目主要核算土地买价或出让金、大市政配套费、契税、耕地占用税、土地使用费、土地闲置费、土地变更用途和超面积补交的地价及相关税费；拆迁补偿支出、安置及动迁支出、回迁房建造支出、农作物补偿费、危房补偿费等为取得土地使用权而发生的各项支出。
但是，房地产企业缴纳的土地滞纳金属于违约性质，属于违反合同产生的违约金，故不属于为取得土地使用权发生的支出，不计入“开发成本-土地征用及拆迁补偿费”科目核算；应计入“营业外支出”科目核算。
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