《方案》要求，明确时间节点，分类分步推进退税工作，精准统筹实施好存量留抵税额和增量留抵税额退税工作。确保符合条件的小微企业存量留抵税额6月底前全额退还，增量留抵税额4月1日起按月全额退还；符合条件的制造业等行业企业，增量留抵税额4月1日起按月退还；符合条件的制造业等行业中型企业，存量留抵税额7月1日起全额退还；符合条件的制造业等行业大型企业，存量留抵税额10月1日起全额退还。有序集中退还微型、小型、中型、大型企业存量留抵税额，确保年底前圆满完成留抵退税各项任务目标。
考虑到留抵退税户数多、小额退税占比较高等因素，《方案》要求，及时升级完善电子税务局等相关信息系统，相关部门要进一步优化退税流程，对符合政策条件、低风险的纳税人，简化退税审核程序，提高办理效率，实现全链条电子化退税，做到申请即办、高效退税。
《方案》提出，根据市、县（区）留抵退税资金支出需求，建立留抵退税补助资金单独调拨机制，按月分批次预拨库款，滚动清算，确保市、县（区）国库动态库款余额能够足额支付半个月的退税资金。同时，完善资金调度机制，根据财政支出需求，加大对市、县（区）其他财政性资金的统筹调度力度，切实减轻市、县（区）库款保障压力。
