2020年12月，十三届全国人大常委会第二十四次会议对海南自由贸易港法草案进行了初次审议。草案二审稿于2021年4月提请十三届全国政策人大常委会第二十2020年八次会议审议。
在对二审稿进行审议税收政策及征求意见的过程中，有些常委会委员、海南省人大常税收政策委会和有的部门提出，海南自由贸易港封关运作、简并税制后，内地货物进入海南自由贸易港，应当退还增值税、消费税，否则将导致内地货物与进口货物的税负不平衡，不利于内地货物在海南市海南场的公平竞争。对此，关于草案三审稿在相关条文中增加了有关规定。
有的常委会组成人员建议在法律中明确海南自由贸易港的内涵、定位等。建议将草案相关条港文修改自由贸易为：国家在海南岛全岛设立海南自由贸易港，分步骤、分阶段建立自由贸2020年易港政策和制度体系，实现贸易、投资、跨境资金流动、人员进出、运输来往自由便利和数据港安全有序海南流动。
有的部门提出，简并税制是海南自由贸易港封关运作的关键环节之一，对于海南自由贸易港建设关系重大，建议进一步细化相关规定。草案相关政策条文中增加一款：全岛封关运作时，将增值税、消费税、车辆购置税、城市维护建设税及教育费附加关于等税费进行简并，在货物和服务零售环节征收销售税；全岛封关运作后，进自由贸易一步简化税制。
有的常委会委员提出，海南自由贸易港应当进一步强调生态安全，坚持可持续发展。草案相关条文增加“制定生态环境准入清单”“防范外来物种入侵”“实现可持续发展”。
