以违反规章制度为由克扣工资是否合法，关键要看规章制度本身合不合法。

具体分析

单位为了自身的管理，往往会制定一系列的规章制度，而只要规章制度的制定程序以及制度内容不违反法律的规定，那一般都会认为规章制度是有效的，单位也就可以依据规章制度的规定来管理单位的员工。

规章制度的合法性：

首先，规章制度的内容不能违反《劳动法》、《劳动合同法》等法律法规的规定。

其次，在制度的制定过程中，要听取工会或者职工代表或者全体职工的意见或建议。

最后，规章制度还必须在单位进行公示（如让员工在员工手册上签字，或者直接发放员工手册进行签收，或者公司内部网站上进行公示，或者进行邮件发送，或直接在公共区域进行张贴公示等）。

行动建议

先按照上述的标准搞清楚单位的规章制度是否合法有效。

1.如果单位的规章制度符合上述规定，那么看你被克扣的工资是否跟规章制度中的规定一致。并且单位以违反规章制度为由克扣你的工资，被扣除的部分不得超过你当月工资的20%，扣除后的剩余部分也不得低于当地的最低工资标准。

2.如果克扣的工资超过了20%，或者剩余的工资低于了当地的最低工资标准，那么你可以采取下列方式维护自己的权益：

（1）直接或打电话到当地的劳动监察大队进行投诉，他们会依据《劳动保障监察条例》依法对用人单位进行监督检查，并责令其支付拖欠或少（扣）发的工资。

（2）你可以依据劳动合同法第三十条的规定，向当地人民法院申请支付令，然后法院会依法向单位发出支付令。

（3）到当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。

（4）如果对仲裁结果不服，可以提起劳动争议诉讼。

法律依据

《工资支付暂行规定》第15条：“用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：

(一)用人单位代扣代缴的个人所得税;

(二)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;

(三)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;

(四)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。”

《工资支付暂行规定》第16条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”

《劳动合同法》第85条：“用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：

(一)未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；

(二)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；

(三)安排加班不支付加班费的；

(四)解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。”