2. 分公司和总公司双方除了开具发票，一定要有完整的证据链证明业务的真实合理，必要的合同、付款、发票及其他相关证据一定要保存好。

问题二：分公司抬头的费用发票，可以拿到总公司进行税前扣除吗？

答：如果总公司和分公司的企业所得税是汇总纳税的，而企业所得税是法人税制，总公司分发票开成分公司的抬头也是一样可以在企业所得税中扣除的。

问题三：我公司是分公司与总公司同属一地（同一个税务局），发生购买服务后，合同由我公司与对方单位签订，由我公司付款，如对方开具增值税发票的购买方为总公司信息，由总公司进行增值税抵扣，对于我公司、总公司有没有税务风险？

答：《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》（国税发[1995]192号）规定，购进货物或应税劳务支付货款、劳务费用的对象。纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。

因此，如果你公司与总公司经税务部门批准可以汇总后统一纳税的，进项税金可以由总公司抵扣，如果属于独立核算并且分别纳税的，则不允许。

问题四：分公司采购，总公司统一付款，分公司取得的专票可以抵扣进项税吗？

答：对分公司购买货物从供应商取得的增值税专用发票，由总公司统一支付货款，造成购进货物的实际付款单位与发票上注明的购货单位名称不一致的，不属于《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》（国税发[1995]192号）第一条第（三）款有关规定的情形，允许其抵扣增值税进项税额。

问题五：分公司接受的专票可以放到总公司抵扣吗？

答：由于分公司和总公司在增值税上属于不同的纳税主体，再加上二者的纳税人识别号也不一样，因此分公司接受的专票是不可以放到总公司抵扣的，应该各自抵扣各自的。

问题六：总公司签订的合同，由分公司来提供业务服务和开票，发包方取得分公司的增值税专用发票是否允许抵扣增值税？

答：如果是建筑行业的话，是可以抵扣增值税的。

国家税务总局公告2017年第11号《国家税务总局关于进一步明确营改增有关征管问题的公告》规定：建筑企业与发包方签订建筑合同后，以内部授权或者三方协议等方式，授权集团内其他纳税人（以下称“第三方”）为发包方提供建筑服务，并由第三方直接与发包方结算工程款的，由第三方缴纳增值税并向发包方开具增值税发票，与发包方签订建筑合同的建筑企业不缴纳增值税。发包方可凭实际提供建筑服务的纳税人开具的增值税专用发票抵扣进项税额。

看完之后，各位老板都明白了吗？还是开头那句话，如果有和文中类似的情况发生，可以把它们拿来当个参考。