第一，如果原始自然人股东转让股权前的投资成本是实际缴足的注册资本情况下，则该原始自然人股东发生股权转让时，计算其股权转让所得的投资成本（股权原值）是该自然人股东按照《公司章程》认缴并实际缴足的注册资本作为投资成本。具体确定方法如下：
根据《股权转让所得个人所得税管理办法》（国家税务总局公告2014年第67号）第十五条、十六条的规定，转让股权时，股权原值按照以下方法确定。
1、以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；
2、以非货币性资产出资方式取得的股权，按照税务机关认可或核定的投资入股时非货币性资产价格与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；
例如：2018年10月，王女士以现金100万元创办一家企业，2020年2月，王女士以150万元的价格低于成本价将100%股权转让给李先生，截止转让前，被转让企业的所有者权益为150万元，其中注册资本为100万元，未分配利润和盈余公积为50万元。本案例种的王女士在转让其自然人股权时，计算其股权转让所得时的投资成本或股权原值是100万元。因此，该项股权转让的财产转让所得为：150万-100万=50万。王女士应缴纳个人所得税50万×20%=10万元。
第二，如果原始自然人股东转让股权前的投资成本是实际缴足的注册资本加上被投资企业以资本公积、盈余公积、未分配利润转增资本或股本的情况下，则该原始自然人股东发生股权转让时，计算其股权转让所得的投资成本（股权原值）是该自然人股东按照《公司章程》认缴并实际缴足的注册资本加上原始自然人股东将转增股本且依法缴纳个人所得税的资本公积、盈余公积、未分配利润作为投资成本。具体确定方法如下：
根据《股权转让所得个人所得税管理办法》（国家税务总局公告2014年第67号）第十五条第四项的规定，转让股权时，股权原值按照以下方法确定：被投资企业以资本公积、盈余公积、未分配利润转增股本，个人股东已依法缴纳个人所得税的，以转增额和相关税费之和确认其新转增股本的股权原值。
【案例分析1：盈余积累转增资本后股权原值的确认分析】
张先生持有M公司100%股权，2019年6月，张先生将M公司100%股权以3500万元的价格转让给李小姐。转让时，投资成本1000万元，被投资企业M公司的未分配利润2000万元，盈余公积500万元，资本公积-其他资本公积500万元。被投资企业M公司净资产账面价值合计为4000万元。假设税务机关认为该项转让属于计税价格明显偏低但有正当理由，对转让价格予以认可。该笔交易李小姐按照规定扣缴了个人所得税500万元（3500-1000）×20%。2019年10月，李小姐决定将2000万元的未分配利润、500万元的资本公积-其他资本公积、250万元的盈余公积共2750万元转增注册资本。转增注册资本后，M公司的注册资本为3750万元。
根据《关于个人投资者收购企业股权后将原盈余积累转增股本个人所得税问题的公告》（国家税务总局2013年第23号公告）规定，个人投资者收购企业股权后将原盈余积累转增股本的个人所得税处理如下：
（一）新股东以不低于净资产价格收购股权的，企业原盈余积累（资本公积、盈余公积、未分配利润）已全部计入股权交易价格，新股东取得盈余积累转增股本的部分，不征收个人所得税。
（二）新股东以低于净资产价格收购股权的，企业原盈余积累中，对于股权收购价格减去原股本的差额部分已经计入股权交易价格，新股东取得盈余积累转增股本的部分，不征收个人所得税;对于股权收购价格低于原所有者权益的差额部分未计入股权交易价格，新股东取得盈余积累转增股本的部分，应按照“利息、股息、红利所得”项目征收个人所得税。
另外，新股东以低于净资产价格收购企业股权后转增股本，应按照下列顺序进行,即:先转增应税的盈余积累部分，然后再转增免税的盈余积累部分。同时，个人投资者收购企业股权后将原盈余积累转增股本的新股东将所持股权转让时，其财产原值为其收购企业股权实际支付的对价及相关税费。
根据《关于个人投资者收购企业股权后将原盈余积累转增股本个人所得税问题的公告》（国家税务总局2013年第23号公告）的以上规定，李小姐对已经纳入上次股权转让所得的2500万元做免税处理，对剩余的250万元缴纳个人所得税50万元（250×20%）。
2019年12月，李小姐将M公司100%股权转让给王先生，股权转让价格4000万元。根据《股权转让所得个人所得税管理办法》（国家税务总局公告2014年第67号）第15条规定，由于被投资企业盈余积累2750万元转增资本，其中2500万元免税，250万元部分已经缴纳了个人所得税，本着税不重征的原则，应当确认股权原值为购买股权的价格3500万元加上250万元，即：3750万元。李小姐个人所得税应纳税所得额为250万元（4000万减去3750万），应该缴纳个人所得税50万元。
（二）直系亲属三代之间通过无偿让渡方式取得股权的股权原值的确定方法
根据《股权转让所得个人所得税管理办法》（国家税务总局公告2014年第67号）第十三条第二项的规定，符合下列条件之一的股权转让收入明显偏低，视为有正当理由：继承或将股权转让给其能提供具有法律效力身份关系证明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人。
同时，根据国家税务总局公告2014年第67号第十五条第三项的规定，通过无偿让渡方式取得股权，具备本办法第十三条第二项所列情形的，按取得股权发生的合理税费与原持有人的股权原值之和确认股权原值。
（三）通过股权转让方式获得股权的股权受让人再次转让股权的投资成本的确定方法
1、被主管税务机关核定股权转让收入并依法征收个人所得税的情况下，股权受让人转让股权计算股权转让所得时的股权原值的确定方法：以取得股权时发生的合理税费与股权转让人被主管税务机关核定的股权转让收入之和确认。
根据国家税务总局公告2014年第67号第十七条的规定，股权转让人已被主管税务机关核定股权转让收入并依法征收个人所得税的，该股权受让人的股权原值以取得股权时发生的合理税费与股权转让人被主管税务机关核定的股权转让收入之和确认。
【案例分析2：前次交易价格核定后再次转让的股权原值确认分析】
张先生持有M公司100%的股份，持股成本1000万元,2019年6月，张先生将股权平价转让给了李小姐。税务机关按照净资产核定法，核定股权转让收入为3000万元，李小姐按照税务机关核定的收入代扣代缴了个人所得税400万元（相关税费略）。2020年10月，李小姐再次转让股权，转让价格3100万元，税务机关认为价格合理。请确认再次转让股权时的股权原值。
按照《股权转让所得个人所得税管理办法》（国家税务总局公告2014年第67号）第16条的规定，股权转让人已被主管税务机关核定股权转让收入并依法征收个人所得税的，该股权受让人的股权原值以取得股权时发生的合理税费与股权转让人被主管税务机关核定的股权转让收入之和确认。因此，再次转让时其股权原值为3000万元，股权转让所得为3100万元减去3000万元。
2、对股权受让人多次取得同一被投资企业股权的，转让部分股权时，采用“加权平均法”确定其股权原值
【案例分析3：多次投资情况下股权原值的确认分析】
张先生2017年以100万元现金投资到M公司占M公司10%的股份；2018年又以200万元现金投资到M公司取得M公司10%股份；2019年张先生以300万元现金继续对M公司增资，又取得了10%股份，至此张先生持有M公司共30%的股份。2020年张先生将持有的M公司10%股份进行了转让，转让价格为400万元。请分析2020年张先生将持有的M公司10%股份进行了转让的个人所得税。
根据《股权转让所得个人所得税管理办法》（国家税务总局公告2014年第67号）第18条规定，对股权受让人多次取得同一被投资企业股权的，转让部分股权时，采用“加权平均法”确定其股权原值。因此，基于此规定，应按加权平均法确认张先生转让M公司10%股权的股权原值。
股权原值=[（100×10% 200 ×10% 300 ×10% ）]÷（10% 10% 10%）=200（万元）
应纳税所得额=400-200=200（万元）
个人所得税应纳税额=200×20%=40（万元）
（四）注册资本实缴制改为认缴制后，未缴足注册资本的原始自然人股东转让股权的投资成本（股权原值）的确定方法
在注册资本自实缴制改为认缴制的情况下，当股东转让股权时，在计算股权转让所得时，股权转让的原始计税基础是减实收资本还是减注册资本呢？分析如下：
股权转让所得是股权转让价格减去转让股权的原来投资价值（计税基础），股权转让价格中包括了实收资本，因为在不符合采用市场评估法评估公司净资产时，股权转让价格是按照净资产法进行定价的，而净资产是实收资本、资本公积和未分配利润的总和，因此，实收资本包括在股权转让价格中。得出以下结论：
一是在注册资本实施实缴制的情况下，注册资本等于实收资本，也等于投资的计税基础，股权转让所得是股权转让价格减去注册资本；
二是在注册资本改为认缴制的情况下，注册资本不等于实收资本，股东未缴足的注册资本是不进行账务处理，股权转让所得是股权转让价格减去实收资本（股东向公司实际缴纳的部分册资本）。
三是在注册资本改为认缴制的情况下，在股权转让之际，如果股权转让合同生效之前，未缴足的部分注册资本已经缴足，则该补缴足的部分注册资本一定含在股权转让价格中，则股权转让所得是股权转让价格减去注册资本；如果股权转让合同生效之前，股东未缴足的部分注册资本仍然未缴足，根据《中华人民共和国公司法》的规定，未缴足部分的注册资本必须由股权受让方在接受股权后继续补足，则该补缴足的部分注册资本一定不含在股权转让价格中，股权转让所得是股权转让价格减去实收资本（股东向公司实际缴纳的部分册资本）。
（一）案情介绍
根据国家税务总局2014年公告第67）第十五条第（一）项的规定，以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值。由于乙出资200万元将于2020年5月1日投入公司，可是2020年3月1日，自然人股东乙转让其在该贸易公司的全部股权给丙，转让价格为400万元，乙未缴清的出资额由新股东丙缴纳，所以，2020年3月1日，乙股东转让股权给丙，计算股权转让所得时的股权投资成本或股权原值为0。因此，自然人股东乙应申报缴纳股权转让的个人所得税：（400-0）×20%=80（万元）。
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