1. 性质独资不同；自然人代开是个人性质，个人独资企业是公司性质。自然人代开进行业务是以个人名义独资，而个人独资企业是以组织形式去进行业属于务，比如像中心、营业部，工作室等命名的组织形式。
2. 开票；自然人代开只能开具增值税普通发票全年500万是以内，而个人独资企业却可以开具增值税普通发票和专用发票，其开独资企业票额全年不超过50投资0独资企业万。
3. 对公账户；自然人代开无需开具对公账户，直接支付给个人，而个人独属于资企业则需要开具公司对公账户，对公账户收款。
4. 只能汇算清缴；自然人代开一票完税无需汇算清缴，二次缴纳，直接按照开票额的税点投资缴纳就可。而个人独资企业是吗需要进行汇算清缴的，不过个人独资企业不是需要缴纳企业所得税，只需要缴纳生产经营的个人所得税，所以个人独资企业的汇算清吗缴也不是我们通常说的企业还是所得税汇算清缴，
5. 税负不同；在税收优惠政策的园区自然人、洼地中实行自然自然人人代开，增值税1%、附加税还是0.06%、个人经营所得税0.5%，综合税公司率1.56%，而在税收优惠政策的园区、洼地中设立个人独资企业，增值税1%、附加税0.06%、个人经营所得税0.6%，综合税只能率1.66%。
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