一、政策依据及相关规定
《国家税务总局 海关总署关于实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法有关问题的公告》(2013年第31号)
《国家税务总局 海关总署关于实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法有关事项的通知》税总发〔2013〕76号
根据规定，自2013年7月1日起，增值税一般纳税人(以下简称纳税人)进口货物取得的属于增值税扣税范围的海关缴款书，需经税务机关稽核比对相符后，其增值税额方能作为进项税额在销项税额中抵扣。
1、纳税人进口货物取得的属于增值税扣税范围的海关缴款书，应按照《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》(国税函〔2009〕617号)规定，自开具之日起180天内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》(电子数据)，申请稽核比对，逾期未申请的其进项税额不予抵扣。
2、税务机关通过稽核系统将纳税人申请稽核的海关缴款书数据，按日与进口增值税入库数据进行稽核比对，每个月为一个稽核期。
海关缴款书开具当月申请稽核的，稽核期为申请稽核的当月、次月及第三个月。
海关缴款书开具次月申请稽核的，稽核期为申请稽核的当月及次月。
海关缴款书开具次月以后申请稽核的，稽核期为申请稽核的当月。
3、稽核比对的结果分为相符、不符、滞留、缺联、重号五种。
相符，是指纳税人申请稽核的海关缴款书，其号码与海关已核销的海关缴款书号码一致，并且比对的相关数据也均相同。
不符，是指纳税人申请稽核的海关缴款书，其号码与海关已核销的海关缴款书号码一致，但比对的相关数据有一项或多项不同。
滞留，是指纳税人申请稽核的海关缴款书，在规定的稽核期内系统中暂无相对应的海关已核销海关缴款书号码，留待下期继续比对。
缺联，是指纳税人申请稽核的海关缴款书，在规定的稽核期结束时系统中仍无相对应的海关已核销海关缴款书号码。
重号，是指两个或两个以上的纳税人申请稽核同一份海关缴款书，并且比对的相关数据与海关已核销海关缴款书数据相同。
4、税务机关于每月纳税申报期内，向纳税人提供上月稽核比对结果，纳税人应向主管税务机关查询稽核比对结果信息。
对稽核比对结果为相符的海关缴款书，纳税人应在税务机关提供稽核比对结果的当月纳税申报期内申报抵扣，逾期的其进项税额不予抵扣。
5、稽核比对结果异常的处理
稽核比对结果异常，是指稽核比对结果为不符、缺联、重号、滞留。
对于稽核比对结果为不符、缺联的海关缴款书，纳税人应于产生稽核结果的180日内，持海关缴款书原件向主管税务机关申请数据修改或者核对，逾期的其进项税额不予抵扣。属于纳税人数据采集错误的，数据修改后再次进行稽核比对;不属于数据采集错误的，纳税人可向主管税务机关申请数据核对，主管税务机关会同海关进行核查。经核查，海关缴款书票面信息与纳税人实际进口货物业务一致的，纳税人应在收到主管税务机关书面通知的次月申报期内申报抵扣，逾期的其进项税额不予抵扣。
对于稽核比对结果为重号的海关缴款书，由主管税务机关进行核查。经核查，海关缴款书票面信息与纳税人实际进口货物业务一致的，纳税人应在收到税务机关书面通知的次月申报期内申报抵扣，逾期的其进项税额不予抵扣。
对于稽核比对结果为滞留的海关缴款书，可继续参与稽核比对，纳税人不需申请数据核对。
因此，若比对结果为滞留票，请继续耐心等候下月比对结果;对于不符、缺联、重号票，可至税务机关办理海关缴款书协查事宜。
二、操作流程
1、采集
(1)纳税人将取得属于增值税扣税范围的海关缴款书，在《通用税务数据采集软件(一般纳税人版)V2.4》中进行数据采集。
(2)采集完毕，按指定路径，开始导出。
(3)导出成功，将导出两个文件，请不要修改。
注意:纳税人应当在开具之日起180天内通过《通用数据采集软件》进行海关进口增值税专用缴款书信息采集、并向主管税务机关报送申请稽核比对。
逾期(超过180天)未申请稽核比对的海关缴款书不予抵扣进项税额。
2、上传
登录电子税务局，进入申报模块，点击“海关完税凭证上传”，将通用数据采集导出的文件进行上传，参加稽核比对。
上传成功后，可以查询所有已成功上传的凭证信息。
注意:通用采集软件可以多次采集。同样，电子税务局上传海关凭证也可多次上传，但是上传的截止期为每月的最后一天，建议最好能提前上传，防止月末因系统拥堵，无法上传而影响下月正常抵扣。
电子税务局自动对导入的采集数据依照规则进行合法性校验，系统显示缴款书上传内容及接收结果，校验通过的信息将上传总局稽核系统进行比对。
3、比对结果查询
纳税人采集并校验通过数据上传至总局稽核系统进行比对(总局比对三要素:缴款书号码、税款金额、填发日期)，原则上于次日生成稽核比对结果，此时纳税人可登录电子税务局，在【海关稽核明细查询】中进行查询。
根据不同的比对结果，进行不同的处理，其中“相符”的发票即可在本月申报抵扣。
4、确认、下载稽核通知书
纳税人在次月申报期内必须下载和确认稽核结果通知书，且每月只能进行1次。
注意:
必须等到海关稽核明细中稽核结果全部出来，才能去点击海关稽核通知书下载。因为稽核通知书下载，一月只能点击一次。(最晚在申报期前两日进行确认，否则系统将自动确认)，稽核相符的完税凭证才能进入当期抵扣，异常、滞留、重号均不进入当期抵扣。
纳税人可以通过“海关稽核明细查询”模块查询上传的发票是否稽核比对通过。
如果已下载确认海关稽核通知书，那么通过“增值税抵扣明细查询”模块中的“稽核结果”-“通知书”中查询下载确认的结果。
5、申报抵扣
下载、确认后，进入纳税申报界面，点击附表二本期进项税额明细表，进入“数据准备区”，选择“导入”。
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