在税收征管审计方面，马青山在报告中指出，此次审计重点抽查了济南、德州、聊城3个市所辖9个县和3个开发区地税部门，延伸审计了89个纳税单位。审计结果表明，地税部门认真做好"营改增"试点工作，积极组织税收收入，加强税收征管，税收收入总量和质量有所提高。
在报告中，马青山也对税收征管审计方面发现的主要问题进行了说明。
第一、小微企业营业税减免政策未落实到位。审计的5个县和3个开发区符合免税条件的3096户小微企业，2013年8至12月，有1312户应免未免营业税56.22万元，占被调查企业应免税额的23%。
第二、土地增值税清算率较低。审计的5个县和3个开发区193个房地产开发项目，达到清算条件的147个，有60个未清算，占符合清算条件项目的41%。
第三、纳税人利用虚假发票逃税。山东聊城天恒置业有限公司使用6张伪造的发票共计1090.09万元，虚报房地产项目开发成本，逃避缴纳土地增值税240.3万元。宁津县路路通气化有限公司利用虚开运费发票列支90万元，逃避缴纳企业所得税22.5万元。
第五、对重点税源征管不到位。一是8个县和3个开发区地税部门截至2013年末对27户纳税单位少征收当期税款3.98亿元，至今年5月末尚有5006.11万元未征收。二是3个县和1个开发区地税部门对11户重点税源企业违规缓征税款5.45亿元。三是济南市地税局高新区分局对企业提前征收税款1.19亿元。
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