2020年1月1日起施行的《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》（以下简称《审理行政协议若干规定》）第二条中明确了政府特许经营协议性质为行政协议，因该等协议发生纠纷时应提起行政诉讼。
一、行政机关不能作为诉讼原告，亦不能提起反诉
《审理行政协议若干规定》第四条规定：“因行政协议的订立、履行、变更、终止等发生纠纷，公民、法人或者其他组织作为原告，以行政机关为被告提起行政诉讼的，人民法院应当依法受理。因行政机关委托的组织订立的行政协议发生纠纷的，委托的行政机关是被告。”第六条规定：“人民法院受理行政协议案件后，被告就该协议的订立、履行、变更、终止等提起反诉的，人民法院不予准许。”
据此，政府特许经营协议纠纷中，行政机关无法作为诉讼原告，亦不能提起反诉。若行政机关认为特许经营者未按照特许经营协议约定履行义务，可催告其履行，经催告后不履行，行政机关可以作出要求其履行协议的书面决定。特许经营者收到书面决定后在法定期限内未申请行政复议或者提起行政诉讼，且仍不履行，协议内容具有可执行性的，行政机关可以向人民法院申请强制执行。
二、未签署特许经营协议的项目公司可作为原告提起诉讼
依据《基础设施和公用事业特许经营管理办法》第十四条及第十八条的规定，实施机构（县级以上人民政府授权负责特许经营项目有关实施工作的有关部门或单位）应当与依法选定的特许经营者签订特许经营协议。需要成立项目公司的，实施机构应当与依法选定的投资人签订初步协议，约定其在规定期限内注册成立项目公司，并与项目公司签订特许经营协议。
然而实践中存在实施机构与投资人直接签署特许经营协议的情形，那实际运营特许经营项目的项目公司在发生纠纷时能否作为原告提起诉讼呢？
依据现行规定，并参考最高人民法院（以下简称“最高院”）作出的（2017）最高法民终415号民事判决书，答案应该是肯定的。
《审理行政协议若干规定》第五条规定：“下列与行政协议有利害关系的公民、法人或者其他组织提起行政诉讼的，人民法院应当依法受理：……（三）其他认为行政协议的订立、履行、变更、终止等行为损害其合法权益的公民、法人或者其他组织。”
由此可见，未签署特许经营协议但实际负责运营管理特许经营项目的项目公司可作为与特许经营协议有利害关系的主体作为原告提起诉讼。
（2017）最高法民终415号民事判决书中法院认为：“虽然沭阳县政府在本案中仍提出恒通公司非《特许经营协议》的当事人，无权依据该协议主张权利，但正如（2014）民二终字第18号民事判决所认定，从负责经办恒通公司设立登记手续的人员与代表中恒公司签订《特许经营协议》的人员均为张绯、恒通公司的运作方式、沭阳县政府在相关协议中的权利义务的具体内容等均可见，恒通公司系依据《特许经营协议》设立的项目公司，故恒通公司有权依据该协议主张权利。”
三、判断人民政府是否为适格被告需明确行政委托与行政授权之差异
关于人民政府是否为适格被告问题，最高院在其作出的（2018）最高法行申235号行政裁定书中作了较为明确的阐述，具体如下：“屯留县住建局负责本辖区市政公用事业特许经营的组织管理和具体实施工作，有法规、规章的明确授权。
《山西省市政公用事业特许经营管理条例》第七条第二款规定：“城市人民政府的建设、市政公用、环境卫生、园林绿化等市政公用事业主管部门负责本行业市政公用事业特许经营的组织管理和实施工作。”第十五条第一款规定：“市政公用事业主管部门根据城市人民政府的授权，可以采取招标、有偿转让、委托的方式选择特许经营者，与特许经营者签订特许经营合同。”
《市政公用事业特许经营管理办法》第四条第三款规定：“直辖市、市、县人民政府公用事业主管部门依据人民政府的授权，负责本行政区域内的市政公用事业特许经营的具体实施。”
上述法规、规章在规定市政公用事业主管部门负责本辖区市政公用事业特许经营的组织管理和具体实施工作的同时，又作了需要依据人民政府授权的规定，本院认为，此处的授权不能理解为接受政府的委托。
对于没有法律、法规或者规章规定，县级以上人民政府授权其他行政机关行使某项职权的，属于行政诉讼法规定的委托，当事人不服提起诉讼的，应以该委托的人民政府为被告。
但对于享有某项职权有法律、法规或者规章的明确规定，县级以上人民政府又进行授权的，此处的授权只能理解为一种程序性要求，授权的人民政府与享有某项职权的被授权行政机关之间不存在委托与被委托关系，进而被授权行政机关履行该职责引发的诉讼确定被告不适用行政诉讼法第二十六条第五款规定。
故本案屯留县住建局行使职权有法规、规章的明确规定，虽经屯留县政府授权，但不属于接受屯留县政府的委托，再审申请人主张屯留县政府与屯留县住建局存在委托关系没有法律依据。”
根据《行政诉讼法》第二十六条第五款的规定，行政机关委托的组织所作的行政行为，委托的行政机关是被告。若特许经营协议一方签署主体系基于人民政府的行政委托而与特许经营者签订协议，则在出现纠纷时可将人民政府作为被告提起行政诉讼。
最高院在（2017）最高法行申195号行政裁定书中即指出：“原则上，行政协议只有行政机关和法律、法规和规章授权组织才能成为作为行政协议一方行政主体的缔约主体，行政机关和法律、法规和规章授权组织以外的公民、法人或者其他组织，除非存在接受上述机关和组织委托的情形，否则不能成为行政协议的行政主体一方。
在本案，案涉《资产转让协议书》系回马镇政府为落实《会议纪要》决定与永佳公司签订的，该协议的缔结主体为回马镇政府，符合行政协议的主体要素。但是，本案的争议焦点在于大英县政府是否还是本案的适格被告。
依据《中华人民共和国环境保护法》的相关规定，大英县政府作为其行政区域环境保护的责任主体，具有实施其行政区域环境保护治理工作的行政职责。
《会议纪要》系在大英县委主要领导、县政府常务副县长及下属各主要行政机关负责人参与的情况下，根据国家产业发展政策和按照上级党委、政府的要求，为实现节能减排目标而作出的关于关闭永佳公司的专题纪要。该纪要决定，由回马镇政府全权负责永佳公司关闭相关处置工作，同时议定其他相关的评估和补偿方案。
《资产转让协议书》的签订方虽为回马镇政府，但该协议的首部对签订的依据和目的作出了明确，即依照《会议纪要》通过永佳公司的资产转让实现产业发展要求和环境治理的目标。
回马镇政府正是依据和执行《会议纪要》的要求与永佳公司签订本案《资产转让协议书》，系履行上级机关的决定，应视为大英县政府委托回马镇政府与永佳公司通过案涉《资产转让协议书》设定了相应的权利义务关系。”。
依据最高院两个不同案例可以明显看出在特许经营协议纠纷中，判断人民政府是否为适格被告的前提在于厘清人民政府作出的系行政委托还是行政授权行为。
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