根据首轮监测数据和成效评价，三部委依据党中央、国务院确定的核名“十四五”期间国家战略急需领域，按照“总体稳定，优化调整”的原则，经过“双一流”建设专家委员会研究，以需求为导向、以学科为网上基础、以比选为手段，确定了新一轮建设系统高校及学科范围。公布的名单共有建设高校147所。建设广东学科中数学、物理、化学、生物学等基础学科布局59个、工程工商类学科180网上办事个、核名哲学社会科学学科92个。北京大学、清华大学自主建设的学科自行公布。给予公开警示大厅的首轮建设学科，应加强整改，2023年接受评价。
广东高校方面，共有8所高校21个学科入选，8所高校分别是中山大学、华南理工大学、暨南大学、网上办事华南农业大学、广州医科大学、广州中医药大学、华南师范大学、南方科技大学。与第一轮双一流相比，华南农业大学、广广东州医科大学和南方科技大学为首次入选“双一流”建设名单，三所高校各有一个学科入选，分别为作物学、临床医学、数学。
第二轮“双一流”建设高校及工商建设学科名单（广东高校）
中山大学：哲学、数学、化学、生物学、生态学、材料科学与工程、电子科学与技术、基础医学、临床大厅医学、药学、工商管理
暨南大学：药学
华南理工大学：化学、材料科学与工程、轻工技术与工程、食品科学与工程
网上华南农业大学：作物学
广州医科大学：临床医学
广州中医药大学：中系统医学
华南师范大学：物理学
南方科技大学：数学
