吉林省国家税务局的主要职能是：
（一）贯彻执行税收法律法规、部门规章及规范性文件，并结合吉林省实际情况，研究制定具体的实施办法。
（二）贯彻执行税收征收管理法律法规、部门规章及规范性文件，研究制定具体的实施办法，组织实施全省国税系统税收征收管理改革。
（三）根据吉林省经济发展规划，研究制定全省国税系统税收发展规划和年度工作的计划并组织实施。
（四）负责吉林省中央税、共享税及法律法规规定的基金（费）的征收管理、税源管理、纳税评估、反避税和稽查工作，力争税款应收尽收；负责增值税专用发票、普通发票和其他税收票证的管理工作。
（五）监督检查全省国税系统的税收执法活动和内部行政管理活动；负责税务行政处罚听证、行政复议和行政应讼工作。
（六）负责规划和组织实施全省国税系统纳税服务体系建设；制定和监督执行全省国税系统纳税服务管理制度；贯彻执行纳税人权益保障规章制度，研究制定具体的实施办法；监督实施注册税务师管理制度。
（七）组织实施对纳税人进行分类管理和专业化服务，组织实施对大型企业的纳税服务和税源管理。
（八）编制、分配和下达全省国税系统税收收入计划并组织实施；负责全省国税系统的税收会计、统计核算工作。
（九）负责规划和组织实施全省国税系统税收管理信息化建设；制定全省国税系统税收管理信息化制度；承担全省国税系统金税工程的推广和应用工作。
（十）负责吉林省进出口税收和国际税收管理工作。
（十一）组织开展全省国税系统党风廉政建设、反腐败工作及行风建设。
（十二）垂直管理全省国税系统的机构、编制、人员和经费等工作。
（十三）承办国家税务总局和吉林省委、省政府交办的其他工作。
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