监事会安排上，股转公司监事长党小卉任监事长，股转公司法律事务部总监王云龙、会计监管部副总监尹舒为监事。
北交所“一把手”徐明，在证监系统的工龄已有20余年，在担任北京证券交易所董事长之前，徐明曾出任上海证券交易所副总经理、中证中小投资者服务中心总经理、全国股转公司董事长及总经理等职务，期间他多次提到“市场期待新三板改革”。徐明也是学者型管理者，华东政法大学学士、硕士，中国人民大学法律系法学博士毕业，著有《证券市场组织与行为的法律规范》、《证券市场若干法律问题研究》等专著，徐明还参与《证券法》的制定，推动了股权分置改革。
近两年，徐明在公开场合曾多次表达过推动新三板升级的意愿，也被认为是北交所建立的“前言“。在去年的中国国际金融论坛上，时任全国股转系统公司总经理的徐明发言称：中小企业多处于创新发展早期，业务稳定性和规范性有限，获取金融服务能力较弱。积极推动建立区域性股权市场挂牌公司到新三板的转板机制。徐明出任全国股转公司董事长后，在资本市场福建对接大会上，徐明提出，将进一步建设好新三板，促进多层次资本市场协同发展。下一步将统筹推进新三板政策体系、制度体系、风控体系、服务体系、技术体系、组织体系“六个体系”建设，在资本市场改革发展大局中发挥好新三板应有的作用。
此次与徐明搭档的隋强毕业于武汉大学，历任国家行政学院办公厅、全国政协办公厅、中国证监会办公厅、中国证监会市场监管部副处长、处长等职务。现任北京证券交易所副董事长兼经理；全国股份转让系统公司党委副书记、副董事长，亲历了新三板创立之初至今的各个发展阶段。徐明与隋强两人一位是人民大学法学博士，一位是武汉大学经济学博士，法律与经济的背景配合，此次北交所领导层的配置可谓是“用心良苦“。
北京证券交易所的组织架构方面，与沪深会员制交易所不同，北交所将由全国股转公司出资设立，将探索具有特色的组织形式和管理制度。从市场结构上看，全国股转公司统筹新三板创新层、基础层和北交所的建设、发展，实行“一体管理、独立运营”。
证券交易所的组织形式分为两种——会员制和公司制。会员制的证券交易所不以营利为目的，它的会员主要是证券公司，取得会员资格的券商才能在交易所进行交易。沪深两市就是采取会员制。
北京和香港选择了公司制，成为由投资者组织起来的股份有限公司性质的证券交易所。这意味着，北京证券交易所从诞生之日起，就是一家企业，如果将来愿意也可以成为上市公司。
