追诉时效
《行政处罚法》（2021年1月22日修订）第三十六条 违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。
前款规定的期限，从违法行为发生之日起计算；违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。
解读：违法占用土地的行为，恢复土地原状前，应视为继续状态。如果建筑不符合城乡规划，对规划的影响就始终存在，应视为继续状态。
办案时限
《自然资源行政处罚办法》规定：自然资源主管部门应当自立案之日起六十日内作出行政处罚决定。案情复杂，不能在规定期限内作出行政处罚决定的，经本级自然资源主管部门负责人批准，可以适当延长，但延长期限不得超过三十日，案情特别复杂的除外。
新的规定：《行政处罚法》（2021年1月22日修订）第六十条 行政机关应当自行政处罚案件立案之日起九十日内作出行政处罚决定。法律、法规、规章另有规定的，从其规定。
管辖
有管辖权的自然资源主管部门由于特殊原因不能行使管辖权的，可以报请上一级自然资源主管部门指定管辖。自然资源主管部门之间因管辖权发生争议的，报请共同的上一级自然资源主管部门指定管辖。上一级自然资源主管部门应当在接到指定管辖申请之日起七个工作日内，作出管辖决定。
立案
核查后，自然资源执法工作机构认为符合立案条件的，应当填写《立案呈批表》，报自然资源主管部门负责人审批。符合条件的，应当在十个工作日内予以立案。
告知
违法行为依法需要给予行政处罚的，自然资源主管部门应当制作《行政处罚告知书》，按照法律规定的方式，送达当事人。当事人有权进行陈述和申辩。陈述和申辩应当在收到《行政处罚告知书》后三个工作日内提出。口头形式提出的，案件承办人员应当制作笔录。
听证
《自然资源行政处罚办法》规定：对拟给予较大数额罚款或者吊销勘查许可证、采矿许可证等行政处罚的，自然资源主管部门应当制作《行政处罚听证告知书》，按照法律规定的方式，送达当事人。当事人要求听证的，应当在收到《行政处罚听证告知书》后三个工作日内提出。
新的规定：依据《行政处罚法》（2021年1月22日修订），当事人要求听证的，应当在行政机关告知后五日内提出；行政机关应当在举行听证的七日前，通知当事人及有关人员听证的时间、地点。
催告
《履行行政处罚决定催告书》送达十日后，当事人仍未履行行政处罚决定的，自然资源主管部门可以向土地、矿产资源所在地有管辖权的人民法院申请强制执行。
申请强制执行
当事人在法定期限内不申请行政复议或者提起行政诉讼，又不履行的，自然资源主管部门可以自期限届满之日起三个月内，向土地、矿产资源所在地有管辖权的人民法院申请强制执行。
人民法院接到行政机关强制执行的申请，应当在五日内受理。人民法院应当自受理之日起七日内作出执行裁定。发现存在问题的，应当自受理之日起三十日内作出是否执行的裁定。裁定不予执行的，应当说明理由，并在五日内将不予执行的裁定送达行政机关。
自然资源主管部门对法院不予受理或不予执行的裁定有异议的，可以自收到裁定之日起十五日内向上一级人民法院申请复议，上一级人民法院应当自收到复议申请之日起三十日内作出是否执行的裁定。
行政复议
当事人申请行政复议的时限为自收到《行政处罚决定书》之日起六十日内。
行政诉讼
《国土资源违法行为查处工作规程》提出：当事人申请行政诉讼的时限一般为自收到《行政处罚决定书》之日起三个月内。
新的规定：《行政诉讼法》（2017年6月27日第二次修正）第四十五条 公民、法人或者其他组织不服复议决定的，可以在收到复议决定书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。复议机关逾期不作决定的，申请人可以在复议期满之日起十五日内向人民法院提起诉讼。法律另有规定的除外。
第四十六条 公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。法律另有规定的除外。
特别规定：《土地管理法》第八十三条 建设单位或者个人对责令限期拆除的行政处罚决定不服的，可以在接到责令限期拆除决定之日起十五日内，向人民法院起诉。
移送公安
自然资源部门主管负责人收到《违法案件处理决定呈批表》后，应当在三个工作日内作出是否批准移送的决定。决定不移送的，应当写明不予批准的理由。决定移送的，在移送决定批准后24小时内办理移送手续。
公安机关对移送的案件决定不予立案，自然资源主管部门有异议的，可以在收到不予立案通知之日起三个工作日之内，提请做出决定的公安机关复议。
移送监察机关或有关机关
决定移送的，应当在作出行政处罚决定或者其他处理决定后十个工作日内，制作《行政处分建议书》，附具其他相关材料。
移交财政部门
自然资源主管部门作出没收矿产品、建筑物或者其他设施的行政处罚决定后，应当在行政处罚决定生效后九十日内移交同级财政部门处理，或者拟订处置方案报本级人民政府批准后实施。法律法规另有规定的，从其规定。
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