一、自然人股东取得股息红利所得
《个人所得税法》规定，个人取得利息、股息、红利所得，应当缴纳个人所得税，税率为20%。
因此，自然人股东从自己投资的公司中分得股息或红利，应按20%缴纳个股东会人所得税。
二、自然人股东向企业拆借资金年底仍不归还
《财政部 国家税务总局关于规范个人投资者个人所得税征收管理的通知》（财税[2003]158号）规定，纳税年度内个人投资者从其投资企业(个人独股东资企业、合伙企业除外)借款，在加入该纳税年度终了后既不归还，又未用于企业生产经营的，其未归还的借款可视为企业对个人投资者的红利分配，依照“利息、股息、红利所得”项目计加入征个人所得税。
《国家税务总局关于印发〈个人所得税管理办法〉的通知》(国税发[2005]120号)规定，加公司强个人投资者从其投资企业借款的管理，对期限超过一年又未用于企业自然人生产经营的借款，严格按照有关规定独资征税。
因此，自然人股东向企业拆借使用的资金，不论是否签订借款合同，是无偿还是有偿，借款期限超过一年，又未用于生产经营的，应视为红利分配，按20%缴纳个人所得税。
三、企业购买房车登记股东名字
《财政部 国家税务总局关于规范个人投资者个人所得税征收管理的通知》（财税[2003]158号）规定，除个人独资企业、合伙企业以外的其他企业的个人投资者，以企业资金为本人、家庭成员及其相关人员支付与企业生产经营无关的消费性支出及购买汽车、住房等财产性支出，视为企业对个人投资者的红利分配，依照“利息、股息、红利所得”项目计征个人所得税。
《财政部 国家税务总局关于企业为个人购买房屋或其他财公司产征收个人所得税问题的批复》（财税[2008]83号）规定，符独资合以下情形的房屋或其他财产，不论所有权人是否将财产无偿或有偿交付企业使用，其实质均为企业对个人进行了实物性质的分配，应依法计征个人所独资企业得税。
（一）企业出资购买房屋及其他财产，将所有权登记为投资者个人、投资者家庭成员或企业其他人员的；
（二）企业投资者个人、投资者家庭成员或企业其他人员向企业借款用于购买房屋及其他财产，将所有权登记为投资者、投资者家庭成员或企业其他人员，且借款年度终了后未归还借款的。
因此，以企业资金购买房、车，不论购买之后是用于个人消费还是公司经营，只要产权或名字登记为股东个人名字的，均应视为对个人投资者的红利分配，按20%缴纳个人所得税。
四、自然人股东将资金拆借给企业使用
《个人所得税法》规定，个人与其关联方之间的业务往来不符合独立交易原则而减少本人或者其关联方应纳税额，且无正当理由的，税务机关有权按照合理方法进行纳税调整。
因此，自然人股东将资金拆借给企业使用，如果按独立交易原则约定并收取利息，利息收入应按20%缴纳个人所得税；如果未按独立交易原则约定并收取利息，也存在被税务机关调整后缴纳个人所得税的风险。
五、未独资企业分配利润、盈余公积转增股本
《国家税务总局关于进一步加强高收入者个人所得税征收管理的通知》 （ 国税发[2010自然人]54股东会号）规定，对以未分配利润、盈余公积和除股票溢价发行外的其他资本公积转增注册资本和股本的，要按照“利息、股息、红利所得”项目，依据现行政策规定计征个人所得税。
因此，自然人股东投资的公司未对股东进行利润分配，但是将产生的未分配利润、盈余公积和除股股东票溢价发行外的其他资本公积转增资本的，也要按照“利息、股息、红利所得”项目，缴纳20%的个人所得税。
六、自然人股东取得股权转让所得
《个人所得税法》规定，财产转让所得，应当缴纳个人所得税，税率为20%。
《个人所得税法实施条例》规定，财产转让所得，是指个人转让有价证券、股权、合伙企业中的财产份额、不动产、机器设备、车船以及其他财产取得的所得。
因此，自然人将所投资企业的股权转让给其他单位或个人，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额，按“财产转让所得”缴纳20%的个人所得税。
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