目前，股权转让缴纳印花税主要分两种情况：
1、 根据财税[2005]11号文件规定，买卖、继承、赠与所书立的A股、B股股权转让书据，由立据双方当事人分别按1‰的税率，按照“股权转让书据”交纳印花税。2007年5月30日，该税率已经由1‰调整为3‰.
2、 根据国税发[1991]155号文件规定，企业股权转让所立的书据，即除书立的A股、B股股权转让书据以外的股权转让合同，按照“产权转移书据”，按所载金额的万分之五缴纳印花税。
企业股权转让的其他税务
外商投资者境内企业股权境外交易也应缴纳印花税。
根据财税【1988】255号、国税发【1991】155号文件规定，在中华人民共和国境内书立、领受本条例所列举凭证的单位和个人(包括……外国公司企业和其他经济组织及其在华机构等单位和个人)，都是印花税的纳税义务人。上述凭证无论在中国境内或者境外书立，均应依照条例规定贴花。印花税暂行条例列举征税的合同在国外签订时，不便按规定贴花时，应在带入境内时办理贴花完税手续。 并且外商投资者境外交易股权只是在境外付款，必须在境内办理审批和变更登记手续。所以该股权转让协议应该在带入境内时按规定的税率贴花。
目前，与股权转让的税收政策包括流转税、所得税和行为税三类，分税种就征收或暂免征作了明确界定。
一、营业税
《财政部、国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》(财税[2002]191号)规定，自 2003年1月1日起，对以无形资产、不动产投资入股，参与接受投资方利润分配，共同承担投资风险的行为，不征收营业税。对股权转让不征收营业税。
二、企业所得税
(一)一般政策规定根据新《企业所得税法》和《实施条例》规定：“转让财产收入，是指企业转让固定资产、生物资产、无形资产、股权、债权等财产取得的收入。”因此企业转让股权取得的收入应作为企业的收入总额计算应纳税所得额。
同时《企业所得税法》第十六条规定：“企业转让资产，该项资产的净值，准予在计算应纳税所得额时扣除。”
其中净值，是指有关资产、财产的计税基础减除已经按照规定扣除的折旧、折耗、摊销、准备金等后的余额。“(《企业所得税法实施条例》第七十四条)
举例：某公司将长期持有的W公司长期股权投资出售，共得价款15.8万元，存入银行;该项长期股权投资账面余额为15.2万元，未计提减值准备。会计分录为：借：银行存款
158000贷：长期股权投资
152000投资收益
6000据此，该公司计算股权转让所得为158000-152000=6000元。
(二)重组业务中股权转让的涉税处理政策依据：《财政部 国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税[2009]59号)
1、股权收购、股权支付的概念。
(1)股权收购：是指一家企业(以下称为收购企业)购买另一家企业(以下称为被收购企业)的股权，以实现对被收购企业控制的交易。收购企业支付对价的形式包括股权支付、非股权支付或两者的组合。
例如：A公司与B公司达成协议，A公司收购B公司60%的股权，A公司支付B公司股东的对价为50万元银行存款以及A公司控股的C公司10%股权，A公司收购股权后实现了对B公司的控制。在该股权收购中A公司为收购企业，B公司为被收购企业。
(2)股权支付：是指企业重组中购买、换取资产的一方支付的对价中，以本企业或其控股企业的股权、股份作为支付的形式。
2、股权收购交易的所得税处理方式
(1)一般性税务处理：
①被收购方应确认股权转让所得或损失。
②收购方取得股权或资产的计税基础应以公允价值为基础确定。
③被收购企业的相关所得税事项原则上保持不变。
(2)特殊性税务处理：同时符合下列条件的，可以选择适用特殊性税务处理规定：①具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。
②被收购的股权不低于被收购企业全部股权的75%.③企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。
④收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%.⑤企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。
特殊性税务处理规定：即暂不确认股权转让的所得或损失。
①被收购企业的股东取得收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定;②收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定;③收购企业、被收购企业的原有各项资产和负债的计税基础和其他相关所得税事项保持不变。
3、举例
分析相关资料：2008年9月，A公司发布重大重组预案公告称，公司将通过定向增发，向该公司的实际控制人B公司发行 36?809 万股 A 股股票，收购其持有的C公司50%的股权。增发价7.61元/股。收购完成后，C公司将成为A公司的控股子公司。C公司成立时的注册资本为856?839?300元，其中D公司的出资金额为 214?242?370 元，出资比例为 25%，B公司的出资金额为642?596?930 元，出资比例为75%.根据法律法规，B公司承诺，本次认购的股票自发行结束之日起36 个月内不上市交易或转让。
相关的企业所得税处理分析
(1)业务的性质此项股权收购完成后，A公司将达到控制C公司的目的，因此符合《通知》规定中的股权收购的定义。
(2)企业所得税政策的适用尽管符合控股合并的条件，并且假设所支付的对价均为上市公司的股权，但由于A公司只收购了C公司的50%股权，没有达到75%的要求，因此应当适用一般性处理：①被收购企业的股东：B公司，应确认股权转让所得。
股权转让所得=取得对价的公允价值-原计税基础=7.61×368090000-856839300×50%=2372745250元假设B公司适用25%税率，因此其股权转让应纳的所得税为：2372745250×25%=593186312.5元②收购方：A 公司取得(对C公司)股权的计税基础应以公允价值为基础确定，即：2801164900元(7.61×368090000)。
③被收购企业：C公司的相关所得税事项保持不变。
如果其它条件不变，B公司将转让的股权份额提高到75%，也就转让其持有的全部C 公司的股权，那么由于此项交易同时符合财税[2009]59号文件中规定的五个条件，因此可以选择特殊性税务处理。
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