作为房地产开发企业，您肯定经历过土增清算后又卖掉清算项目房产的情况。那您对这部分后来卖掉的房产是怎么再去进行清算的呢？有没有受到过诸多困扰？本文通过案例为您梳理可能受到的几个主要困扰，期待为您排忧解难。

政策规定

国税发【2006】187号文件第八条规定，在土地增值税二次清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积。

案例

绿园地产公司2016年5月起开始开发销售A项目，可售建筑面积为10万平方米，截至2018年10月已售建筑面积为9万平方米，占可售面积的90%，按照税务机关要求办理土地增值税清算申报。清算资料显示：取得土地使用权所支付的金额为8000万元，房地产开发成本22000万元，房地产开发费用按取得土地使用权和开发成本之和的10%扣除，转让房地产收入总额为54000万元（不含税），与房地产转让相关的税金为3024万元，剩余尾房1万平方米按已售房产均价计算估价为6000万元（不含税）。
本次清算项目总成本为8000 22000=30000（万元），单位可售建筑面积成本为30000÷10=3000（元/平方米）。按照国税发【2006】187号文件规定，计算可扣除项目金额合计为30000×1.3 3024=42024（万元），单位建筑面积可扣除项目金额为42024÷10=4202.40（元/平方米）。
计算本次清算可扣除的成本为3000元/平方米×9万平方米=27000万元，应扣除项目金额为27000×1.3 3024=38124（万元）。增值额为54000-38124=15876（万元），增值率为41.64%，适用税率为30%，应缴土地增值税额为4762.80万元。
该公司2019年5月将剩余1万平方米销售完毕，实际取得转让房地产收入8000万元，缴纳与转让房地产有关的税金448万元，按照国税发【2006】187号文件第八条规定，2019年1月尾房销售后，可扣除项目金额=4202.40元/平方米×1万平方米=4202.40（万元）,增值额=8000-4202.40=3797.60（万元），增值率90.37%，适用税率为40%，应缴土地增值税为3797.60×40%-4202.40×5%=1308.92（万元）。
以上是按照【2006】187号文规定计算的结果，这个政策在执行过程中已经证明存在不合理之处，且看我们继续往下分析。

困扰一：尾房销售时扣除项目金额按【2006】187号文计算正确吗？

现在我们已经知道【2006】187号文规定的不合理之处有2点：

1）尾房销售时缴纳的税金在再次清算时不允许扣除，这与常规情理不符，因为是实实在在已经缴纳的税金；

2）尾房销售时使用初次清算时的成本费用中已经包含相应的税金及附加，这就造成了初次清算时的税金和附加被加计扣除了。目前，很多省市税局已经针对这2个不合理之处进行了政策调整，比如：
《海南省地方税务局关于印发土地增值税清算有关业务问答的通知》（琼地税函【2015】917号）“十一、如何确认清算后再转让房地产的扣除项目金额?”规定：在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额分别按清算时的普通住宅、非普通住宅单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。
普通住宅或非普通住宅单位建筑面积成本费用=普通住宅或非普通住宅清算时的扣除项目金额÷普通住宅或非普通住宅清算的已售建筑面积。
其中，上述计算中的扣除项目金额不包括清算时与转让房地产有关的税金。本次与转让房地产有关的营业税及附加准予在清算后再转让的扣除项目中进行扣除。

另外，《北京市地方税务局土地增值税清算管理规程》（北京市地方税务局公告2015年第7号）第四十六条也做出了上述规定。
根据海南和北京的上述政策，单位建筑面积成本费用=（42024-3024）/10=3900（元/平方米），再转让可扣除项目金额=3900元/平方米×1万平方米 448万元=4348万元，增值额8000-4348=3652（万元），增值率84%，适用税率40%，应缴土地增值税额为1243.40万元，较国税发【2006】187号文件中的公式减少税金1308.92-1243.40=65.52（万元）。

那么，您当地的扣除项目计算是否也有这样的规定呢？没有的话，不妨参照海南和北京的政策跟您的主管税局去努力争取一下吧。

困扰二 ：尾房销售可否和初次清算适用的税率

通过上例我们看出，尾盘清算适用了40%的税率，而初次清算时是30%的税率。很明显，如果全部销售完毕再去清算，有可能就不会涉及到税率的提高了。那么，就有人关心了，是否可以再次清算时使用和初次清算一样的税率呢？

《浙江省地方税务局关于土地增值税若干政策问题的解答》中有这样的内容。问：项目清算完成后再转让房地产应如何计算征收土地增值税?答：根据国家税务总局《关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发【2006】187号）第八条规定：在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。现明确如下：根据销售收入和上述扣除项目金额计算清算后再转让房地产的增值额，按已清算部分适用的税率计算缴纳土地增值税。

按照浙江的规定，尾房销售增值3652万元，不需要单独计算增值率及适用税率，而是按照初次清算税率30%计算缴纳土地增值税3652×30%=1095.60万元。

这么说来，也有政策范例可供您跟当地税局去据理力争了哦。

困扰三 ：尾盘销售可否和初次清算合并后再进行二次清算呢？

通过前面的案例我们知道，分开清算有可能导致前后适用税率不一致的情况，有省市的税局就切实为纳税人着想，允许纳税人将前后两次的清算数据进行合并，进行一次集中清算。比如，《湖北省地方税务局关于进一步规范土地增值税征管工作的若干意见》（鄂地税发【2013】44号）第九条关于二次清算有这样的规定：

纳税人达到清算条件并进行土地增值税清算后，继续支付并取得合法、有效凭证的支出，可申请二次清算，但必须是所有成本、费用均已全部发生完毕。主管税务机关可根据实际情况重新调整扣除项目金额并调整应纳土地增值税税额，二次清算后，纳税人不得再要求进行土地增值税清算。
按照这份文件来计算我们前述案例：

全部销售收入为54000 8000=62000（万元），与房产转让有关的税金为3024 448=3472（万元），全部可扣除成本8000 22000=30000（万元），全部可扣除项目金额为30000×1.3 3472=42472（万元），增值额62000-42472=19528（万元），增值率46%，适用税率30%，应缴土地增值税5858.40万元。与浙江税局的规定计算结果就完全一致了，但操作上应该更便捷。

困扰四 ：尾房销售是集中申报还是单套申报？

尾房销售1万平方米，肯定是由多套房组成的，那么是最终一次性清算还是每出售一套就要再次清算呢?
吉林省地方税务局（2014年6月19日全省土地增值税清算工作会议上明确土地增值税有关业务问题，全省统一执行不另行发文）“问题13关于清算后继续转让房地产的处理问题”指出：清算后再转让的房产在计算土地增值税时，要按每笔合同计算增值额和应缴纳税款，并于次月税务机关规定的期限内申报缴纳。

这个政策是一个不实用的政策，不知道当地是不是真的按此执行。

《河北省地方税务局关于对地方税有关业务问题的解答》第七条答问：

问：已竣工项目，但未最终决算，未支付的工程价款，以后取得发票，还允许扣除吗？是否可以在取得合法凭证后进行补充清算？

答：在土地增值税清算中，其实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的不得扣除。对个别企业因暂时困难未支付应扣除项目的工程费用的情形，在清算完成后三年内取得合法有效票据的，企业可申请对该项目重新清算。
河北也允许进行二次清算，但是对二次清算的具体规定未做详细说明。然而，据清算经验看，现实中绝大多数土增清算项目都是一次清算完毕，真正进行二次清算少之又少。

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土地增值税：二次清算的法定情形

土地增值税是房产企业房产项目的重要税种，行业内一般戏称为给房产项目算大帐算总账。按《关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）规定，房产项目在满足以下土地增值税清算条件下要进行项目清算，对项目应缴、预缴的土地增值税进行清算，长退少补。

房产项目土地增值税需要进行清算的情况分如下两种情形：

第一种，应该清算的情况，即法定需要清算的情况，在符合下列情形之一的，纳税人应进行土地增值税的清算：

1.房地产开发项目全部竣工 、完成销售的；

2、整体转让未竣工决算房地产开发项目的；

3.直接转让土地使用权的。

第二种，可以清算的情况，即主管税务机关可以行使自由裁量权可以自主决定是否清算的情况，在符合下列情形之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：

1.已竣工验收 的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；

2.取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的；

3.纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的；

4.省税务机关规定的其他情况。

一般情况下，房产项目土地增值税清算，现阶段大部分均在可以清算的情况下进行了清算，即按税务机关自由裁量权的要求进行了清算，可能存在部分工程项目未最终决算、项目竣工决算报表未最终完成、部分商品房购销合同已签署但房产未最终交付，或部分成本费用支出暂未取得合规票据的情形，对上述项目清算时存在的上述情况，《土地增值税清算管理规程》（国税发〔2009〕91号）对“暂未取得合规票据的情形”作出了“实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的不得扣除”的规定；《关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函（2010）220号）对“购销合同已签署但房产未最终交付”的情形作出了“未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整”的规定，对房产成本是否归集完备作出了“房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除；未开具发票的，扣留的质保金不得计算扣除”的原则性规定。

部分企业的房产项目，在按税务机关自由裁量规定在可以清算的情况下进行清算时，如果存在国税发〔2009〕91号、国税函（2010）220号所述的情形，均依规定进行了调整。在这种情况下，如果企业后续取得了清算时未取得已纳税调增的票据，交付的了清算时已签署合同但未交付未开具发票的房产且开票金额与原合同规定不符，清算时扣留的质保金已交付，便会产生已清算的房产项目是否可以二次清算的疑惑和诉求。企业在向主管税务机关提出二次清算的请求时，主管税务机关均以土地增值税清算“无二次清算相关规定”的口径进行了回复，对企业二次清算的要求予以拒绝。

《中华人民共和国税收征收管理法》（2015年4月24日修订）第五十一条规定，纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。

税务机关对企业土地增值税二次清算的要求的上述回复及拒绝是否符合税收法定的原则，我们认为值得商榷，不能一概而论。企业的房产项目，如果是在按税务机关自由裁量权可以清算的情况下进行的清算，那么企业在项目清算后取得了合规票据、交付了房产开具了发票补退了房款后、支付了扣留的质保金等情况下， 在自行重新对项目清算后，如果发现已清算项目存在“超过应纳税额缴纳的税款”的情形时，按征管法上述规定，3年内是可以向主管税务机关申请退还多交的土地增值税的，这应该就是土地增值税可以进行二次清算的法律基础。

综上，我们认为，企业房产项目，在主管税务机关行使自由裁量权在可以清算的条件下进行了清算，清算后企业后续如取得了清算时未取得的合规票据、交付了清算时未交付房产并开具了发票、支付了清算时扣留的质保金等情形时，可以向主管税务机关申请“二次清算”申请退回清算时多缴的税款。