认定养殖场是否属于违法建筑，要看相对人是否办理了建设养殖场的相关用地手续，对于具有特殊历史遗留问题的养殖场，还需要进一步审查政府行为是否让相对人对建设养殖场、发展养殖业产生了一定的信赖。如果相对人基于对政府的信赖，兴建养殖场满足养殖产业发展的需要，那么仅以养殖场未办理相关使用手续而认定其属于违法建筑，不具有合理性。

姜某在承包土地上搭建的养猪舍按照当时的规定应该办理相应的用地手续，但是姜某在建造时并未办理审批手续，而是在事后补办了一个临时用地审批。在临时用地审批期限届满以后姜某未续办的情况下，区政府并未对其罚款或者采取其他措施，而是默许姜某继续使用土地，甚至对于其生猪养殖给予了诸多政策帮持，帮助其扩大生产规模。后由于涉案地块为某湖流域禁养区，故要求在规定期限内完成退养工作，区政府对该养猪舍作出强制拆除决定并予以强制拆除。姜某不服，向法院提起诉讼。

在信赖利益保护和惩治违法建筑物两者之间，法院会如何取舍？

信赖利益保护原则是民法诚实信用原则在行政法领域的体现，是指行政相对人给予对行政机关行政活动的合理信赖作出正当的活动后，行政机关不得随意废止或者变更该行为，不得反复无常，否则就应该对公民造成的损失予以赔偿。

区政府对相对人的政策扶持导致相对人信赖利益的产生，在信赖利益保护和惩治违法建筑物两者之间，法院倾向于选择保护信赖利益。因为区政府的这种做法使相对人产生信任，相对人有理由认为违法事由已经消除，由此产生的信赖利益应当予以保护，区政府仍然将相对人的养猪舍认定为违法建筑就缺乏合理性。

相对的，如果区政府只是单纯的放任违法建筑物的存续，未及时认定违法并拆除违法建筑物，而没有对其进行政策扶持，就没有信赖利益的产生，区政府就可以合法地对违建进行认定和处置。

另外，在前述案件审理过程中，区政府曾经依据国土资发〔2007〕220号、国土资发〔2010155〕号以及国土资发〔2014〕127号文件认定涉案土地上的建筑物违法，但是法院对此不予支持，理由是涉案建筑物建造时这几个文件尚未生效。

最后，法院判决区政府对姜某的赔偿申请重新作出复议决定。

解析法院的观点，姜某的养殖场在临时用地审批期满以后未申请延期，确实违反了当时的规定，但是区政府的政策扶持却让姜某产生了自己的养殖场不存在违法事由的错觉，进而对现状产生信任——坚信自己没有违法。区政府应该对姜某的信任负责。站在区政府的角度，其面临的困境是：养殖场确实不符合规定——要拆！同时，姜某的信赖利益也要维护。

两者之间的关系该如何平衡呢？恰当的做法是区政府在作出处罚决定之前先派人与姜某进行沟通，耐心劝导，做通思想工作，并在法律规定的范围内给予相应的补偿。

要从根源上杜绝此类事情再次发生应该以预防为主，在日常工作中注意以下几点：

第一，正确适用法律和政策。

认定建筑物是否属于违法建设项目要遵循法不溯及既往的法律适用原则，只能适用建筑物建造时已经生效的法律法规和政策。这要求行政机关对新旧法规和政策文件及时进行更新，避免法律适用错误。

第二，避免行政行为前后矛盾。

行政机关在对个人或者组织颁发政府类奖项或给予扶持政策时要对其进行“尽职调查”，避免对存在违法行为且未作处理的相对人颁发政府类奖项或制定扶持政策，以免作出前后矛盾的行政决定或行为。这类审查实施起来难度较大，涉及到各行政机关之间信息互通的问题，以及行政机关依法行政法律思维的培养。

第三，及时处理违法行为。

发现违法行为应当尽早处理，有特殊情况不能及时处理的应当进行特别标识，当不存在特殊情况时立刻作出处理。