现在大部分的企业所得税税收优惠，都不需要事先或者单独向税务机关备案了：
企业根据《企业所得税优惠事项备案管理目录》，自行判断符合税收优惠条件的，可以自行享受优惠，并履行备案手续。
年度终了汇算清缴结束后，税务机关再根据备案资料进行审核，实施后续管理。
但是，还是有一些优惠需要备案的。比如，企业重组采用特殊性税务处理的，需要单独备案：
《国家税务总局公告2015年第48号 国家税务总局关于企业重组业务企业所得税征收管理若干问题的公告》
1、重组各方应在该重组业务完成当年，办理企业所得税年度申报时，分别向各自主管税务机关报送《企业重组所得税特殊性税务处理报告表及附表》和申报资料。
2、重组主导方申报后，其他当事方向其主管税务机关办理纳税申报。申报时还应附送重组主导方经主管税务机关受理的《企业重组所得税特殊性税务处理报告表及附表》(复印件)。
但如果因为一些客观原因，企业忘记了备案，还能不能享受税收优惠呢？
针对这个问题，税收实务中存在一些争议，来看这么一个案例。
案例：
2018年12月，ABC公司将资产转让给它的子公司，子公司用股权100%支付，这一业务具有合理的商业目的，并且也符合企业重组特殊性税务处理的其他条件。
但是，由于人员离职交接不当等客观原因，ABC公司和子公司等重组各方都没有向主管税务机关提交书面备案资料。
ABC公司进行2018年度企业所得税纳税申报时，自行判定后便进行了特殊性税务处理，也就是重组业务自行享受了免税。
2021年10月，税务机关要求ABC公司进行税务风险自查。
ABC公司发现该项重组业务没有向主管税务机关提交书面备案资料。
ABC公司联系了税务管理员，请求对该重组事项进行补充备案。双方产生了一些观点碰撞。
n 税务管理员的观点是：
没有及时履行备案手续，不能享受优惠。
毕竟，关于不备案的后果，政策也说了：
财税[2009]59号 财政部 国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知：
企业发生符合本通知规定的特殊性重组条件并选择特殊性税务处理的，当事各方应在该重组业务完成当年企业所得税年度申报时，向主管税务机关提交书面备案资料，证明其符合各类特殊性重组规定的条件。企业未按规定书面备案的，一律不得按特殊重组业务进行税务处理。
企业属于“未按规定书面备案的，所以企业所得税一律不得按特殊重组业务进行税务处理。
处理结果预计是：
需要追征2018年的企业所得税税款1000万元及滞纳金，同时考虑到企业非主观故意的性质，免于罚款。
n ABC公司的观点是：
1、进行2018年度企业所得税纳税申报时，企业忘了填报《企业重组所得税特殊性税务处理报告表及附表》和申报资料，只在《A105100企业重组及递延纳税事项调整明细表》进行了填报，确实工作失误。
2、但是，备案的新规定实质上已取代旧规定。
诚然，财税[2009]59号第十一条规定，企业未按规定书面备案的，一律不得按特殊重组业务进行税务处理。
但是，按照48号公告要求，ABC公司可向主管税务机关补充填报《企业重组所得税特殊性税务处理报告表及附表》和申报资料后，补充办理纳税申报。
48号公告专门说了，本公告适用于2015年度及以后年度企业所得税汇算清缴。所以，应当按照48号公告的备案要求，而不是财税[2009]59号的备案要求。
税务专管员向上级请示后，双方达成了一致的处理意见：
1、ABC公司补充备案资料后，税务机关审查发现确实符合特殊性税务重组的，无需补缴1000万的税款及滞纳金。
2、ABC公司没有在规定期限内报送纳税资料，需要承担后果。
税务机关对ABC公司处以1万元的罚款。
《中华人民共和国税收征收管理法》第六十二条：
纳税人未按照规定的期限办理纳税申报和报送纳税资料的，或者扣缴义务人未按照规定的期限向税务机关报送代扣代缴、代收代缴税款报告表和有关资料的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款;情节严重的，可以处二千元以上一万元以下的罚款。
税小念点评：
这个案例非常典型，在实务中可以作为一个很好的借鉴——税务机关不得以“没有履行备案”为由，阻止企业享受应有的税收优惠。
而且我们还可以找到明确的文件来支撑：
《国家税务总局关于税务行政审批制度改革若干问题的意见》（税总发〔2014〕107号）规定：
不得以纳税人等行政相对人没有按照规定备案为由，剥夺或者限制其依法享有的权利、获得的利益、取得的资格或者可以从事的活动。纳税人等行政相对人未按照规定履行备案手续的，税务机关应当依法进行处理。
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