案例
广东省F市某工改工项目，开发主体为S公司。该项目拟分三期开发，一期建筑面积为20515平米，预计销售额达4亿元；二期建筑面积为36812平米，预计销售额为8.5亿元。三期为自持项目，未来以收租为主。单方建造成本为2500元/平，一二期合计建造成本为1.5亿元左右。一二期未建车库，仅三期配建车库，车库的建造成本约5000万元。由于是工业土地，三期合计的土地成本仅有2700万左右。因资本化利息仅有700万元，数额较低，因此采用计算比例扣除。
筹划前税负测算（三期分别独立清算）
增值税（未考虑进项税额，同时因土地成本较低，因此此处亦未考虑销项税额抵扣的影响）
8.5/（1 9%）*9%=7,018（万元）
附加税费：7,018*12%=842（万元）
增值税及附加合计：7,860万元
土地增值税
不含税收入：8.5/（1 9%）=78,000（万元）
可扣除项目金额合计：（2,700 15,000）*（1 20% 10%） 842=23,852（万元）
增值额：78,000-23,852=54,148万元
适用土增税率：60%
应纳土地增值税：54,148*60%-23,852*35%=24,141（万元）
企业所得税
应纳税所得额：78,000-2,700-15,000-842-（2,700 15,000）*10%-24,141=33,547（万元）
应纳企业所得税：33,547*25%=8,387（万元）
三项税费合计：7,860 24,141 8,387=40,388（万元）
综合税负率：51.78%！！！非常恐怖的一个数据。
筹划后税负测算（三期合并清算）
增值税（同上）
8.5/（1 9%）*9%=7,018（万元）
附加税费：7,018*12%=842（万元）
增值税及附加合计：7,860万元
土地增值税
不含税收入：8.5/（1 9%）=78,000（万元）
可扣除项目金额合计：（2,700 15,000 5,000）*（1 20% 10%） 842=30,352（万元）
增值额：78,000-30,352=47,648万元
适用土增税率：50%
应纳土地增值税：47,648*50%-30,352*15%=19,271（万元）
企业所得税
应纳税所得额：78,000-2,700-15,000-5000-842-（2,700 15,000 5,000）*10%-19,271=32,917（万元）
应纳企业所得税：32,917*25%=8,229（万元）
三项税费合计：7,860 19,271 8,229=35,360（万元）
综合税负率：45.33%
相比于筹划前，综合税负直降5,028万元（40,388-35,360），效果还是非常可观的。
本筹划方案的关键点在于，合并清算情形下，我们可将三期的地下车库成本作为公共配套，摊分至一二期，通过加大开发成本，从而有效降低了增值额。三期本就属于自持项目，地下车库的成本无论高低，对于土增税是完全没有影响的。与其这样，我们不如转变思路，将三期车库的建造车库向一二期销售物业尽可能倾斜。当然，我们这里还没有考虑三期地面厂房的建造成本。因为同属自持，在保证合理性的前提下，三期厂房的建造成本若能最大程度向一二期进行倾斜，那么最终所带来的税务筹划效果将更加明显。
相关政策依据：
《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）四、土地增值税的扣除项目
(三)房地产开发企业开发建造的与清算项目配套的居委会和派出所用房、会所、停车场(库)、物业管理场所、变电站、热力站、水厂、文体场馆、学校、幼儿园、托儿所、医院、邮电通讯等公共设施，按以下原则处理：
1.建成后产权属于全体业主所有的，其成本、费用可以扣除
《国家税务总局广东省税务局土地增值税清算管理规程》（国家税务总局广东省税务局公告2019年第5号）第四章 清算申报受理
第十九条 土地增值税以房地产主管部门审批、备案的房地产开发项目为单位进行清算。对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。具体结合项目立项、用地规划、方案设计审查（修建性详细规划）、工程规划、销售（预售）、竣工验收等确定。
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