1、由于开发间接费用允许加计扣除，一些房地产企业将应计入房地产开发费用的工资、销售费用等计入开发间接费用，扩大加计扣除金额，如何来确认开发间接费用列支的真实性。
鉴别方法：开发间接费用是指直接组织、管理开发项目发生的费用，包括工资、职工福利费、折旧费、办公费、劳动保护费等。为防止企业将应计入房地产开发费用的工资、销售费用等计入开发间接费用，可以责令企业提供开发间接费用明细项目及金额，将相近的项目进行比较后，从中甄别出那些应列入房地产开发费用中的支出，并进行相应的调整。比如，企业管理人员的工资应列入管理费用。
2、企业在项目开发建设阶段发生的利息支出，按财务会计规定进行了资本化，计入了房地产开发成本，在土地增值税清算时，是否需要进行调整。
鉴别方法：按照会计制度规定和企业所得税法规定，企业借款利息支出，在开发产品完工之前，应该实行资本化处理计入开发产品成本。但土地增值税法规定，利息费用要单独计算，不计入开发成本，更不得计入加计扣除基数，所以应将利息支出从房地产开发成本中调整至房地产开发费用。
3、利息费用的扣除有二种方式：一种是据实扣除，一种是按“取得土地使用权支付金额”和“房地产开发成本”之和的5%比例扣除。如何把握利息费用扣除的可选择性。
鉴别方法：据实扣除是在满足“凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的”的前提条件下的。在清算时严格按照该前提条件来审核。
（1）企业全部使用自有资金，没有利息支出的，房地产开发费用在按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的10%以内计算扣除。
（2）企业不是向金融机构借款的，不能提供金融机构证明的，不论其实际发生利息费用是否低于5%的固定比率，其房地产开发费用都按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的10%以内计算扣除。
（3）房地产开发企业既向金融机构借款，又有其他借款的，房地产开发费用在按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的10%以内计算扣除。
其他扣除的鉴别方法
1、房地产企业在计算扣除额时，将印花税作为“与转让房地产有关的税金”进行扣除，是否需进行调整。
鉴别方法：房地产企业在转让房地产时缴纳的印花税，已列入企业的管理费用进行扣除，所以不应再计入“与转让房地产有关的税金”进行扣除，应作调整，否则会造成印花税的重复扣除。
2、在土地增值税清算时，企业将各类代收费用一律作为扣除项目扣除，并进行20%加计扣除，应如何鉴别调整。
鉴别方法：对于县级以上人民政府要求房地产开发企业在售房时代收的各项费用，如果代收费用是计入房价中向购买方一并收取的，作为转让房地产所取得的收入计税，在计算扣除项目金额时，代收费用可以扣除，但不允许作为加计20%扣除的基数。如果代收费用未计入房价中，而是在房价之外单独收取的，不作为转让房地产的收入，在计算增值额对，代收费用不允许在收入中扣除。按照上述原则对企业代收费用的核算情况进行审核，并对企业土地增值税清算的扣除项目作相应调整。
3、纳税人混淆代收费用与政府行政性收费。
鉴别方法：在审核时，注重区分政府行政性收费与政府代收费。政府行政性收费包括在办理各类许可证照过程中缴纳的各项费用。要注意收集相关许可证照的复印件，为后续工作提供资料。据目前了解情况，企业代收费用主要是指代收房屋维修基金和代收购房者缴纳的契税。
4、房地产企业在同一时间不同地区有几个开发项目，或者同一地区几个项目滚动开发，成片开发，合作开发等，如何确定清算单位。
鉴别方法：土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算。清算时，以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。因房地产项目或分期项目由发改委、经发局审批立项的，重点审核发改委（计委）、经发局的立项批文。
5、房地产开发项目未全部竣工完成销售的，但有部分出租自用，是否可进行清算。
鉴别方法：已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的，可由主管税务机关要求进行土地增值税清算。
具体鉴别时，包括二种情况：一种是已转让建筑面积占比在85%以上的，无论出租自用占比多少，均可以要求纳税人进行清算；另一种是虽然已转让建筑面积占比未达到85%，但是未转让部分全部用于出租或自用的，可要求纳税人进行清算。即对已转让建筑面积占比未达到85%的，若有部分出租或自用，存在部分空置，不建议要求纳税人进行清算。
6、同一个房地产项目，取得多张销售（预售）许可证，有的满三年，有的未满三年，如何确定是否达到土地增值税清算条件。
鉴别方法：房地产项目符合“取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的”情形的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算。重点审核：一是该房地产项目是否完全销售完毕，如全部销售完成，该项目必须要进行土地增值税清算；二是该项目未全部销售完结的，查验其最后一张预售证是否满三年，如已满三年的，主管税务机关可要求进行清算。
7、条例规定“纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超过扣除项目金额20%的，免征土地增值税”，该普通标准住宅如何鉴别和掌握。
8、企业滚动开发房地产的，在土地增值税清算时，扣除项目如何分摊计算。
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