现代物流中，有一种常见的业务模式是采用运输集散中心进行物流运作，实务中是物流企业承接客户需要运输的货物，同时利用大量运输车辆(以个体为主)回程、同途等特色，以网络信息为核心，建立货物运送承接与运输工具拥有者实际运输之间的综合性运输服务模式。该模式整合仓储、运输、货代、配送等物流环节，实行一体化运作，一站式服务，现代物流业的体现。
一、无运输工具承运业务的增值税基本规定
对于这种自身没有运输工具、又完成物流全程的物流承运业务，其增值税的处理，营改增后将其定义为无运输工具承运业务，具体表述为：无运输工具承运业务，是指经营者以承运人身份与托运人签订运输服务合同，收取运费并承担承运人责任，然后委托实际承运人完成运输服务的经营活动。同时，对无运输工具承运业务的增值税处理进行了明确，按照交通运输服务缴纳增值税，即适用税率为11%，不是按照货运代理服务6%处理。
通俗地说，无运输工具承运业务与货运代理服务的主要区别在于：
1.无运输工具承运业务是对委托方的货物全程运输到目的地，并收取全程费用的“全包”式经营服务，包括实际运输。
2.货运代理服务仅仅是为委托方寻找、联系运输单位及办理相关手续，仅仅收取“跑腿”佣金的代办服务，与实际运输无关。
二、无运输工具承运业务增值税抵扣新规
在实际运行中，出于业务成本和现实的考虑，大量存在个体运输户参与的物流运转。个体运输户的参与无疑对于物流企业的运行具有很好的社会效益，然而，由于增值税管理体制的要求，从事无运输工具承运业务的物流企业很难取得进项抵扣凭证，导致业界采用变相办法，以游离边缘的方式处理。通常做法是以油卡抵顶运输费用，获得油费发票作为部分进项抵扣。由于没有明确的规定，这种做法难免存在一定的风险。因此，国家税务总局作出了新规，给予了明确和规范。
自2017年9月1日起，根据《国家税务总局关于跨境应税行为免税备案等增值税问题的公告》(国家税务总局公告2017年第30号)第二规定，纳税人以承运人身份与托运人签订运输服务合同，收取运费并承担承运人责任，然后委托实际承运人完成全部或部分运输服务时，自行采购并交给实际承运人使用的成品油和支付的道路、桥、闸通行费，同时符合下列条件的，其进项税额准予从销项税额中抵扣：(一)成品油和道路、桥、闸通行费，应用于纳税人委托实际承运人完成的运输服务;(二)取得的增值税扣税凭证符合现行规定。
三、新政执行中需要注意的几个要点
无疑，这新规对于从事无运输工具承运业务的物流企业是利好。但是，在执行该条政策时，笔者一叶税舟认为需要把握几个要点：
1.取得的成品油增值税专用发票必须是自行采购的，对于由实际运输户采购的，则不得抵扣。
2.取得成品油增值税专用发票的办法：根据《成品油零售加油站增值税征收管理办法》(国家税务总局令第2号)第十二条规定，购油纳税人向发售加油卡、加油凭证销售成品油的纳税人购买加油卡或加油凭证时只能取得普通发票。待运输过程中凭卡或加油凭证加油后，购油纳税人根据加油卡或加油凭证回笼纪录，向发售加油卡、加油凭证销售成品油的纳税人要求开具增值税专用发票。接受加油卡或加油凭证销售成品油的单位与预售单位结算油款时，接受加油卡或加油凭证销售成品油的单位根据实际结算的油款向预售单位开具增值税专用发票。
3.成品油必须是实际承运人用于完成的运输服务，对于赠送等形式给予其他单位或者个人使用的不可以抵扣。需要提醒的是，对于虽然属于加盟运输户，但是不是用于该纳税人委托的运输服务而取得增值税专用发票也不得抵扣。
4.根据《财政部国家税务总局关于收费公路通行费增值税抵扣有关问题的通知》(财税[2016]86号 )规定，要区分高速与其他道路、桥、闸通行费进行正确计算。
高速公路通行费可抵扣进项税额=高速公路通行费发票上注明的金额÷(1 3%)×3%。
一级公路、二级公路、桥、闸通行费可抵扣进项税额=一级公路、二级公路、桥、闸通行费发票上注明的金额÷(1 5%)×5%。
通行费，是指有关单位依法或者依规设立并收取的过路、过桥和过闸费用。
5.要注意区分高速ETC通行发票的不同。
目前，许多省市高速公路通行业务中，分别采用充值方式和信用卡方式两种。
由ETC用户服务中心(储值户)在ETC充值开具发票时，发票内容中项目由“通行费”改为“通行卡充值”，“金额”改为“充值金额”，在税收处理上按照《国家税务总局公告2016年第53号》的单用途卡进行管理，即，凡在充值时取得ETC用户服务中心(储值户)开具的内容为“通行卡充值”的普通发票应当不得抵扣进项税额。
在ETC消费后，由高速公路不停车收费用户服务中心(信用卡户)开具的发票内容为“通行费”的普通发票，纳税人可以凭该普通发票据实抵扣进项税额。
因此，建议企业办理ETC信用卡户。
6.提供跨境应税服务中的免税规定。
根据《国家税务总局关于发布〈营业税改征增值税跨境应税行为增值税免税管理办法(试行)〉的公告》( 国家税务总局公告2016年第29号)和财税〔2016〕36号附件4《跨境应税行为适用增值税零税率和免税政策的规定》均规定，以无运输工具承运方式提供的国际运输服务免征增值税。
纳税人应在首次享受免税的纳税申报期内或在各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局规定的申报征期后的其他期限内，到主管税务机关办理跨境应税行为免税备案手续，并提供国家税务总局公告2016年第29号规定的备案资料;而根据《国家税务总局关于在境外提供建筑服务等有关问题的公告》(国家税务总局公告2016年第69号)规定，享受国际运输服务免征增值税政策的境外单位和个人，到主管税务机关办理免税备案时，提交的备案资料包括：关于纳税人基本情况和业务介绍的说明;依据的税收协定或国际运输协定复印件。
根据《国家税务总局公告2017年第30号》规定，纳税人按照上述规定办理免税备案手续后发生的相同跨境应税行为，不再办理备案手续。纳税人应当完整保存相关免税证明材料备查(特别提醒：必须签订跨境销售服务书面合同，否则不予免征增值税;实际发生相关业务的证明材料)。纳税人在税务机关后续管理中不能提供上述材料的，不得享受相关免税政策，对已享受的减免税款应予补缴，并依照《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定处理。
向国内海关特殊监管区域内的运输服务照章征收增值税。
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