1、纳税风险一: 总包方没有收到分包方开具的发票之前，总包方不能扣除分包额计算预交增值税，从而要提前多预交分包额对应的预交增值税。
根据国家税务总局公告2016年第53号第八条和《国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点有关税收征收管理事项的公告》（国家税务总局公告2016年第23号）第四条第（三）项的规定，建筑企业总承包方跨县（市、区）提供建筑服务，在向建筑服务发生地主管国税机关预缴税款时，需填报《增值税预缴税款表》，并出示以下资料：
（1）与发包方签订的建筑合同复印件（加盖纳税人公章）；
（2）与分包方签订的分包合同复印件（加盖纳税人公章）；
（3）从分包方取得的发票复印件（加盖纳税人公章）。
国家税务总局公告2016年第17号第六条 纳税人按照上述规定从取得的全部价款和价外费用中扣除支付的分包款，应当取得符合法律、行政法规和国家税务总局规定的合法有效凭证，否则不得扣除。其中上述合法有效凭证之一是指总包方从分包方取得的2016年5月1日后开具的，备注栏注明建筑服务发生地所在县（市、区）、项目名称的增值税发票。
基于以上税收政策规定，总分包之间存在的纳税风险总结如下：
在总分包之间，如果总包收到业主支付的预付款，分包还没有发生施工业务或者已经发生施工业务，总包与分包没有进行工程进度结算前，总包不可能支付工程款给分包，分包不可能开具增值税发票给总包。结果总包不能扣除分包款，实行差额预交增值税，从而要提前多预交分包额对应的预交增值税。
2、纳税风险二：总包没有扣除分包向总包开具的材料发票金额从而多预交增值税。
国家税务总局公告2016年第23号还规定，如果存在总分包业务，该分包方向总承包方开开具增值税发票时，必须在增值税发票上 的“备注栏”中必须注明建筑服务发生地所在县（市、区）、项目的名称。基于此税法规定，总分之间存在以下纳税风险：
如果分包给总包开具了增值税发票，分包方没有在增值税发票上的“备注栏”中注明建筑服务发生地所在县（市、区）、项目的名称，则总包也不能扣除分包款，实行差额预交增值税，从而要提前多预交分包额对应的预交增值税。
3、纳税风险三：总包没有扣除分包向总包开具的材料发票金额从而多预交增值税。
根据《国家税务总局关于进一步明确营改增有关征管问题的公告》（国家税务总局公告2017年第11号）第一条的规定，售活动板房、机器设备、钢结构件等自产货物的同时提供建筑、安装服务，不属于《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号文件印发）第四十条规定的混合销售，应分别核算货物和建筑服务的销售额，分别适用不同的税率或者征收率。因此，根据此规定，如果分包方与总包方签订了包工包料的分包合同，而且分包方在工程中所用的材料是分包人自己生产加工的情况下，则分包方向总包开具一张17%税率的增值税材料发票，一张是11%税率的建筑服务业的增值税发票。
根据国家税务总局公告2016年第53号第八条的规定，总分包之间差额预交增值税时，必须满足的条件是：总包方从分包方取得的发票复印件（加盖纳税人公章）。这文件中只强调分包方发票复印件，而没有具体强调材料发票和建筑服务业发票，言下之意是分包方给总包方开具的材料发票和建筑服务业发票，总包方都可以扣除分包额实行差额预交增值税。
基于以上分析，总分包之间差额预交增值税时，存在的纳税风险是：总包没有扣除分包向总包开具的材料发票金额从而多预交增值税。
4、纳税风险四：总包方收到业主的预付款而给业主开增值税发票提前缴纳增值税
财税[2016]26号文件附件1：《营业税改征增值税试点实施办法》第四十五条第二项规定：“纳税人提供建筑服务、租赁服务采取预收款方式的，其纳税义务发生时间为收到预收款的当天。”而财税[2017]58号文件第二条，《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号印发）第四十五条第（二）项修改为“纳税人提供租赁服务采取预收款方式的，其纳税义务发生时间为收到预收款的当天”。基于此规定，自2017年7月1日起，建筑企业收到业主或发包方的预收账款的增值税纳税义务发生时间不是收到预收账款的当天。即建筑企业收到业主或发包方预收账款时，没有发生增值税纳税义务，不向业主或发包方开具增值税发票。
既然建筑企业收到业主或发包方的预收账款的增值税纳税义务时间不是收到预收账款的当天，那到底什么时候缴纳增值税呢？根据财税[2016]36号文件附件1：《营业税改征增值税试点实施办法四十五条第一项规定：“纳税人发生应税行为并收讫销售款项或者取得索取销售款项凭据的当天；先开具发票的，为开具发票的当天。收讫销售款项，是指纳税人销售服务、无形资产、不动产过程中或者完成后收到款项。取得索取销售款项凭据的当天，是指书面合同确定的付款日期；未签订书面合同或者书面合同未确定付款日期的，为服务、无形资产转让完成的当天或者不动产权属变更的当天。”基于此税收政策的规定，建筑企业预收账款的增值税纳税义务时间为以下两个方面：
一是，如果业主或发包方强行要求建筑企业开具发票，则该预收账款的增值税纳税义务时间为建筑企业开具发票的当天；
二是如果业主或发包方支付预付款给施工企业不要求施工企业开具发票的情况下，则建筑企业收到预收款的增值税纳税义务时间为：已经发生建筑应税服务并与业主或发包方进行工程进度结算签订进度结算书，在财务上将“预收账款”科目结转到“工程结算”科目的当天。
基于以上建筑企业“预收账款”的增值税纳税义务时间的分析，总包收到业主预付款的纳税风险是：当总包方只有一个项目的情况下，而且工程还没有动工，由于税法规定增值税纳税义务时间为：先开发票的，为开发票的当天。而造成了总包方收到预收款时，确认销项税额，没有可以抵扣的进项税额。造成了总包方工程没有开工前，就要缴纳增值税，占用了总包方的资金流。
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