答：需要区分不同情况。如果免税农产品是自产并直接销售的话可以按9%计算抵扣进项税额，如果用于生产13%税率货物的话，还可以加计1%也就是按10%计算抵扣进项税额。如果从批发、零售环节购进适用免征增值税政策的种子种苗、蔬菜、部分鲜活肉蛋等农产品取得免税发票，不得作为计算抵扣进项税额的凭证。
真的有点难为财务人员了，怎么才能知道哪个是自产哪个是批发、零售的啊？一是按常识判断，比如销售方为***农业公司、***农民专业合作社、***家庭农场之类的，自产的可能性大，如果销售方为***超市，***蔬菜批发部，***门市部，批发、零售的可能性大；二是加强与采购人员沟通，现在比较流行“业财融合”的说法，这也算一种业财融合吧，采购人员应当最清楚是自产还是批发、零售的。
提醒一点的是，如果流通环节放弃免税，开具了增值税专用发票，是可以抵扣进项税额的，更为优惠的是如果小规模纳税人开具了3%征收率的专用发票，取得方可以按票面金额的9%计算抵扣进项税额。
目前流通环节免税的农产品范围政策依据如下：
《财政部 国家税务总局关于农业生产资料征免增值税政策的通知》（财税〔2001〕113号）规定的种子、种苗批发、零售环节免税；
《财政部 国家税务总局关于免征蔬菜流通环节增值税有关问题的通知》（财税〔2011〕137号）规定的免征蔬菜流通环节增值税；
《财政部 国家税务总局关于免征部分鲜活肉蛋产品流通环节增值税政策的通知》（财税〔2012〕75号)规定的免征部分鲜活肉蛋产品流通环节增值税。
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