不动产抵押合同的生效与抵押权设定的关系应理解为：
在当事人意思表示达成一致时，不动产抵押合同在成立时生效，而当事人办理登记时抵押权设立;抵押权设定应以不动产抵押合同为依据。
不动产抵押合同无效，抵押权当然地不能设定;不动产抵押合同有效，抵押权未必就能设定。所以，在抵押权未能设定时，不能否定有效成立的不动产抵押合同的效力。
在实践中，若对已经成立而未办理抵押物登记的不动产抵押合同一概认定其无效，那么抵押人违背抵押合同的约定则不构成违约，不发生违约责任。这势必会严重侵害债权人利益，有悖合同法与担保法的立法宗旨。笔者认为，对上述情况应区别对待，作如下处理：
1、在无其他债权人对不动产抵押物主张权利或者主张不动产抵押合同无效的情况下，抵押权人要求抵押人补办登记的，法院应予支持。
因为不动产抵押合同订立后，未办理抵押登记，只是抵押权没有设定，抵押合同并不因此而无效。
合同既已生效，对合同当事人就产生拘束力，负有办理抵押登记义务的当事人就应按合同履行。
即使合同对抵押登记如何办理没有明确约定，据合同法第六十条第二款的规定“当事人应当遵循诚实信用原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务”。抵押人也应当履行合同的附随义务。
2、如因登记机关的原因，未办登记手续，抵押人已将抵押财产的权利凭证交付给抵押权人的，法院可以认定抵押权有效设定，但不能对抗善意第三人。
对此处理方法，担保法司法解释第五十九条有明确规定，所以在审判实务中，不仅要查明是否办理过抵押登记，还要进一步查清未登记的原因、当事人是否申请办理过登记手续、权利凭证有无交付等重要事实。如当事人有证据证明符合担保法司法解释第五十九条规定的情形，法院就不能轻率地认定不动产抵押合同不生效。
3、如债权人无过错，法院可判令负有办理抵押登记义务的当事人承担违约责任。
实践中有抵押人在不动产抵押合同签订后故意不办理抵押登记的情形，法院如查证属实，可依据担保法司法解释第五十六条第二款的规定，判令抵押人承担赔偿责任。
需说明的是，这里的赔偿责任属缔约过失责任，是因为抵押人违背诚实信用原则，拒绝办理登记手续，而使债权人利益受损，从而赔偿债权人“信赖上利益”的损失部分，应以不动产抵押合同中设定的抵押物的价值为限。
综上所述就是对此问题的具体阐述，希望能帮助到大家。
催天下
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