《方案》要求，在交通运输领域全面实行所有涉企经营许可事项全覆盖清单管理，按照直接取消审批、审批改为备案、实行告知承诺、优化审批服务等四种方式分类推进“证照分离”改革，同时在自由贸易试验区进一步加大改革试点力度，力争2022年底前在全国交通运输领域建立简约高效、公正透明、宽进严管的行业准营规则，大幅提高交通运输市场主体办事的便利度和可预期性。
《方案》指出，全国范围内交通运输涉企经营许可事项全部实行“证照分离”改革。法律、行政法规、国务院决定设定的交通运输涉企经营许可事项，已逐项列明改革事项、设定依据、审批层级及部门、改革方式、具体改革举措和加强事中事后监管措施，形成了清单；在自由贸易试验区针对“经营国内船舶管理业务审批”等4项审批事项，增加实施改革试点举措。地方性法规、政府规章设定的交通运输涉企经营许可事项，相关省级交通运输主管部门依据省级人民政府公布清单执行。各级交通运输主管部门不得在清单之外违规限制企业进入交通运输行业。具体如下：
直接取消审批。在全国范围内(含自由贸易试验区，下同)对“国际客船、散装液体危险品船运输业务经营审批(初审)”等4项涉企经营许可直接取消审批。其中，“国际客船、散装液体危险品船运输业务经营”和“从事大陆与台湾间海上运输业务许可”两项许可取消省级初审环节，由当事人直接向交通运输部提出申请。“水运工程监理企业丙级资质认定”和“公路工程专业丙级监理资质认定”两项许可直接取消。
实行审批改备案。在全国范围内对“机动车驾驶员培训许可”实行审批改备案。企业应依法向市场监管部门登记，具备《机动车驾驶员培训管理规定》规定的相关培训业务条件，到交通运输主管部门备案，对材料齐全且符合备案要求的，交通运输主管部门应予以备案。
实行告知承诺。在全国范围内对“水运工程监理企业乙级资质认定”等6项涉企经营许可实行告知承诺，同时，在自由贸易试验区对“经营国内船舶管理业务审批”等4项实行告知承诺。对因企业承诺可以减省的审批材料，不再要求企业提供；对可在企业领证后补交的审批材料，实行容缺办理、限期补交；对申请人自愿承诺符合许可条件并按要求提交材料的，当场作出许可决定。要依法查处不符合承诺条件开展经营的行为，将失信违法情况纳入企业信用记录，并依法依规实施失信惩戒。
优化审批服务。在全国范围内对“公路工程专业甲级监理资质认定”等29项涉企经营许可，精简审批材料，压减审批时限，不再要求企业提供营业执照等审批材料，减轻企业办事负担，提高审批效率。要强化“双随机、一公开”监管，对诚信状况差、投诉举报多、受处罚警告多的经营主体提高抽查比例、开展专项检查，发现不具备经营许可条件的，要依法及时处理。要积极回应企业关切，探索优化审批服务的创新举措。
