成本费用的区别就不复习，举个简单例子，购买车辆存在两个纳税环节：购置(车辆购置税) 持有(车船税)，前者作为成本，后者作为费用。
具体到题主的问题，就流转税而言：
1> 增值税：如题主，进项可抵情况下，因为该利益流出会通过抵扣销项收回(而不是资产使用)，因而不作为Cost，反之则作为；
2>消费税：
2-1 购置应税，税金作为价款部分确认为成本(领用外购税且可抵免情况下是冲减要缴纳的税金而不是已确认的成本，这点区别于VAT，毕竟VAT购入时候的估计即为可抵扣)；
2-2 销售应税，税金作为税金及附加(价内税特征，同原营业税，处置资产的时候确认的是营业外收支)
2-3 委托加工：区别是否直接销售 销售价格
3> 关税 没想出关税不进入成本的，题主指教下
贴一个非货币交换情况下的税费处理，在这个时候矛盾最大，也最能看清
--------------以下为引用，出处未能考证---------------------
处理百度知道的时候，偶遇一关于非货币性资产交换的涉税题目，平时并未在意此知识点，只知道那句广为流传的：换入资产入账价值＝换出资产公允价值/账面价值＋支付的相关税费－可以抵扣的进项＋支付的补价－收到的补价。
细究却发现，非货币性资产交换中的各种税费处理，确实是会计学习的难点和易错点。
在此系统整理非货币性资产交换的涉税处理知识点和例题如下。
知识结构： 增值税销项
不具有商业实质
价外税的会计处理 增值税进项
非货币性资产交换 价内税的会计处理
具有商业实质
的涉税处理 相关费用的会计处理
一、 价外税的会计处理
1、 增值税销项
增值税销项是由非货币性资产交易中换出增值税应税产品产生的，一般情况是换出存货产生的增值税销项。
增值税销项的处理是比较简单的，不管是具有商业实质还是不具有商业实质的情况，公式“换入资产入账价值＝换出资产公允价值/账面价值＋支付的相关税费－可以抵扣的进项＋支付的补价－收到的补价”中“支付的相关税费”一项中都是要计算这部分增值税销项。因为增值税属于价外税，不在资产公允价值或者是账面价值中包括。
【例题1】A公司用一批自有存货与甲公司长期股权投资相交换，存货账面余额为800万，计税价格和公允价值都是1000万，增值税率17％；甲公司长期股权投资公允价值和账面价值900万，另支付补价270万。该交换具有商业实质。做A公司分录。
借：长期股权投资 900
银行存款 270
贷：主营业务收入 1 000
应交税费——应交增值税（销项税额） 170
借：主营业务成本 800
贷：库存商品 800
【小结】一般的，按照彼此的公允价值入账。
【例题2】如果上道例题不具有商业性质，做A公司分录。
借：长期股权投资700
银行存款 270
贷：库存商品 800
应交税费——应交增值税（销项税额）170
【小结】换入资产的入账价值，是倒挤出来的。
2、 增值税进项
增值税进项是由于非货币性资产交换中换入增值税应税产品产生的，一般情况也是存货。
增值税进项另外的来源就是换入或者是换出存货发生的运费中按照7％确定的增值税进项，这部分进项只在不具有商业实质的时候在非货币性资产交换公式中“可以抵扣的进项”中核算的。
【例题3】A公司用长期股权投资与乙公司存货交换，长期股权投资账面价值80，公允价值100万；存货公允价值100万，增值税率17％，A公司另支付补价17万；另外A公司支付存货运费10万， 取得正规运输发票，假设该交易具有商业实质。
借：库存商品 109.3
应交税费——应交增值税（进项税额）17.7
贷：长期股权投资 80
投资收益 20
银行存款 27
【注意】如果是换出存货支付的费用就应该是作为企业的销售费用处理，不具商业实质下应计入换入资产入账价值。
二、 价内税的会计处理
价内税的范围包括：营业税、消费税、资源税等，也就是组成了资产的价格的税费。
1、 具有商业实质
具有商业实质的非货币性资产交换，价内税不在“支付的相关税费”中核算，原因是具有商业实质的情况下，换出资产的公允价值中是包含了这部分价内税的，实际上已经考虑了价内税的问题。因为确认了收益，所以价内税应该按照业务性质确认为营业税金及附加，或者冲减资产处置损益。
【例题4】A公司用存货与乙公司的长期股权投资交换，存货账面原值80万，公允价值100万，存货跌价准备10万，增值税率17％，消费税率10％，该交换具有商业实质。作出A公司相关分录。
借：长期股权投资117
贷：主营业务收入 100
应交税费——应交增值税（销项税额）17
借：主营业务成本 70
存货跌价准备 10
贷：库存商品 80
借：营业税金及附加 10
贷：应交税费——应交消费税10
2、 不具有商业实质
价内税的处理是比较复杂的，在具有商业实质的情况下，由于换出资产的公允价值中已经包含了这部分价内税了，那么公式中“支付的相关税费”中就不需要重复计算这部分价内税了；
如果是不具有商业实质的，价内税就需要计入到换入资产的入账价值中了。
实际上不管是否具有商业实质，非货币性资产交换中的价内税都计入到换入资产入账价值中的，不同的是具有商业实质的情况下，价内税已经包含在换出资产公允价值中了。
【例题5】A公司用存货与乙公司长期股权投资交换，存货账面原值为80万，公允价值100万，存货跌价准备10万，增值税率17％，消费税率10％。该交换不具有商业实质。
借：长期股权投资 97
存货跌价准备 10
贷：库存商品 80
应交税费——应交增值税（销项税额）17
——应交消费税 10
三、 相关费用的会计处理
相关费用的处理需要区分两种情况：为换入资产发生的费用和换出资产发生的费用。
1、 具有商业实质
为换入资产支付的相关费用在具有商业实质情况下应该计入到换入资产入账价值中，也就是在“支付的相关税费”中核算。如果是运费的，由于要确认增值税进项，所以在“可以抵扣的进项”中核算这部分增值税进项。
为换出资产发生的费用在具有商业实质情况下不计入到换入资产入账价值中，因为这部分费用并不影响换入资产的取得成本，视为企业处置资产发生的费用计入到相关费用科目。
【例题6】A公司用固定资产与乙公司一批存货交换，固定资产账面原值150万，累计折旧20万，公允价值100万，为换出固定资产发生运费10万；乙公司存货公允价值100万，增值税率17％，A公司另支付补价17万，换入存货发生运费20万。具有商业实质。
借：固定资产清理 140
累计折旧 20
贷：固定资产 150
银行存款 10
借：库存商品 118.6
应交税费——应交增值税（进项税额） 18.4
营业外支出 40
贷：固定资产清理 140
银行存款 37
2、 不具有商业实质
为换入资产发生的费用在不具有商业实质情况下的处理和具有商业实质情况下的处理是一样的，这里不再阐述。
为换出资产发生的费用在不具有商业实质情况应该计入到换入资产入账价值中，相关费用引起的增值税进项同样需要在“可以抵扣的进项”中核算。
由于不具有商业实质情况下不能够确认损益，那么换出资产的费用就不应该确认销售费用等期间费用了，而是应该计入到换入资产入账价值中。
【例题7】A公司用固定资产与乙公司一批存货交换，固定资产账面原值150万，累计折旧20万，公允价值100万，为换出固定资产发生运费10万；乙公司存货公允价值100万，增值税率17％，A公司另支付补价17万，换入存货发生运费20万。不具有商业实质。
借：固定资产清理 130
累计折旧 20
贷：固定资产 150
借：库存商品 158.6
应交税费——应交增值税（进项税额）18.4
贷：固定资产清理 130
银行存款 47
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