现在可以网上勾选了，采购方会计可能就直接进行勾选，然后让销售方提供个记账联的复印件就完事了。
以上做法都是不正确的，都会对日后的税务检查带来不必要的麻烦。准确的做法其实税务局早就有相关的规定了。最早是在国税发【2016】156号文做出规定的，在2014年时税务局重新作出了简化处理的规定，是在国家税务总局公告2014年第19号文里进行了约定。
而言之就是分为以下三种处理方式：
1、抵扣联和发票联都丢失。这时候又分为以下两种情况：
（1）丢失前已认证相符的。购买方直接凭销售方的记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》（以下简称“证明单”）作为增值税进项税额的抵扣凭证，然后再复印一份记账联复印件做账。
（2）丢失前未认证的，购买方凭销售方的记账联复印件进行认证，认证相符的凭记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证，同样再复印一份记账联复印件做账。
留取一份记账联复印件和《证明单》留存备查。
2、只丢失发票联。这时候复印一份抵扣联，抵扣联原件作为记账凭证，抵扣联复印件留存备查。
3、只丢失抵扣联。这时候也分为两种情况：
（1）丢失前已认证相符的。将发票联复印一份留存备查
（2）丢失前未认证的。可使用发票联认证，复印一份发票联留存备查。
《丢失增值税专用发票已报税证明单》怎么开呢？
不需要专门跑到税务局去开，直接在网上办税服务厅操作即可，操作流程如下：
登录网上税务局，点击右侧“我要办事”中的“证明办理”菜单，点击“丢失增值税专用发票已报税证明单开具”后的[办理]按钮，进入办理页面。
第一步：填写表单
1. 输入购买方纳税人识别号，购买方纳税人名称会自动带出。
2. 输入发票代码、发票号码，系统会自动带出报税日期、纳税申报日期、税款所属期。
3. 输入货物（劳务）名称、单价、数量、金额、税额。
4. 按照发票上的信息如实填写。
注意：标*的项目为必填项目。
5. 填写完毕，点击[保存]按钮，保存本次已填写的内容。点击[下一步]按钮提交当前数据并继续办理如仅保存未提交，则下次进入该表单时前次保存内容可选择回显自动带出，无需再次输入。
第二步：上传附件并签名
此业务无需上传资料，直接点击[签名并上传]按钮进行签名。
插入CA证书，输入正确的CA密码，点击[确定]按钮继续操作。
在跳出的弹框点击[确定]按钮继续操作。
跳出的界面点击[确定]按钮返回事项列表。
提交成功的事项可以在“事项进度”中进行查询受理状态。
点击“文书号”可以查询详细情况。
点击结果通知书查看事项通知书，效果如下：
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