内部会计控制可提升单位的自身管理的水平，促进单位的各项经济事项有序、规范、合理的进行，预防腐败滋生，将行政权力限制在合理的范围内，形成有效的廉政风险防控机制，还能够有效指导业务工作的开展,纠正以前想当然的工作作风，将工作方式制度化、规范化、科学化。保证各项行政公共业务顺利实施。其意义主要表现在以下方面：

1. 提高资金使用效果和行政效率

行政事业单位的资金使用不像企业追求利益最大化，而是要求资金达到相应的绩效目标，规范资金拨付流程,优化行政办事程序, 构建完善的内部控制体系，保证资金安全的同时，也优化提高财政性资金的使用效果，将资金效益最大化。规范的资金使用流程还可以提高行政事务办结效率和促进行政职能发挥。

2. 防范单位内部风险，促进廉政建设

完善的内部控制可以有效降低单位开展业务工作过程中的各方面风险，规范各项工作的业务流程，保障经济活动处于合法合规基本原则之下，封堵住了大部分行政体制上漏洞,从经济活动开展的整个过程中减少了腐败发生的可能性，促进了单位的廉政建设，也从一侧面也保护了工作人员。

3. 有效节约行政成本

完善的内部控制制度建设，规范了业务工作流程，最大程度上优化工作内容，避免了很多重复工作和多余内容。

4. 保障单位资产安全

行政事业单位的资产拥有管理的责任，资产也是公务人员发挥行政职能必要物质条件，通过建立完善的资产管理体系和机制，可以保证国有资产发挥应有的作用，防止国有资产流失。

5. 保障财务信息真实可靠

会计凭证、账簿、财务报表等财务资料记录的财务信息必须能真实的反映经济业务活动的内容。完善的内控机制既可以让资金进行合理分配适应,同时也能通过财务控制,保证会计记录的准确、及时、完整，从而确保会计信息的真实可靠。