近年来连锁企业以其统一的商业标识、管理方法、经营理念，可以在不同的地域为顾客提供相同服务体验，在消费者心中建立了良好的品牌形象，从而在众多行业形成强大竞争优势。然而，连锁企业在增值税负担上是否同样存在优势呢？
以北京某著名连锁餐饮企业为例，随着企业的发展，企业的分支机构逐渐增加，相应的成本随之提高，原来的管理模式也需要随之改变。目前，该企业开设的非独立核算分支机构分别位于北京的9个区内，最远的门店设立到通州区、房山区和昌平区等地。
在实行总分机构增值税汇总纳税之前，免税备案、发票申领等日常税务工作需分别到各分支机构所在地的主管税务机关办理。随着分支机构数量的不断增加，为完成各分支机构增值税计算、复核和申报工作，不断加大了资金和人力的投入。各分支机构独立申报增值税，已不适应当前企业发展需要。
大型连锁经营企业各分支机构独立申报增值税，还可能面临税负不均的问题。在总分机构经营模式下，通常由各地分支机构负责业务的推广、开展和运营，由总机构承担日常采购和管理职能。
如果总分机构分别申报缴纳增值税，一方面因为分支机构产生主要的业务收入，但是没有与之匹配的进项税额，可能需要缴纳大量增值税；另一方面，总机构存在不少进项税额，但由于总机构不直接产生收入，因此销项税额较少，导致进项税额无法充分抵扣。
增值税税款的缴纳和进项留抵税额的浪费，在一定程度上挤占了企业的经营现金流，可能影响企业的业务发展和规模扩张。也就是说，此时连锁企业的增值税负担要重于单店经营企业。那么是否有办法减轻连锁企业的相关税负呢？有，申请汇总纳税。
根据增值税暂行条例，总机构和分支机构不在同一县（市）的，经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
为进一步降低企业成本，提高税务管理效率，连锁企业可以向主管税务机关提出汇总纳税的申请。实现总分机构增值税汇总纳税后，由于分支机构进项税额可转移至总机构抵扣，短期内可降低增值税税负，这大大提高了企业的资金使用效率。同时，实现汇总纳税还节约了员工成本和相应的管理成本。
小贴士：对于自愿连锁企业、即连锁店的门店均为独立法人，各自的资产所有权不变的连锁企业和特许连锁企业，即连锁店的门店同总部签订合同，取得使用总部商标、商号、经营技术及销售总部开发商品的特许权的连锁企业，其纳税地点不变，仍由各独立核算门店分别向所在地主管税务机关申报缴纳增值税。
申请了增值税汇总纳税固然好，但在实际操作中遇到的一些问题又让财务人员犯了难，我们挑选了实务中遇到的较为典型的两个问题为大家进行解析和说明。
1、增值税汇总纳税后，采购货物、接受劳务或服务是否只能开具总公司抬头的发票，原来分公司取得的增值税专票是否能在总公司抵扣？
《财政部 国家税务总局关于重新印发<总分机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法>的通知》第五条规定，总机构汇总的进项税额，是指总机构及其分支机构因发生《应税服务范围注释》所列业务而购进货物或者接受加工修理修配劳务和应税服务，支付或者负担的增值税税额。可以理解为分支机构可以自行购进货物或者接受劳务和应税服务，获得进项发票，由总机构汇总。
小贴士：分支机构自行取得增值税专用发票，由总机构汇总理论上可行的，但在实务中各地税务机关如何理解，又各有不同。
《安徽省财政厅 安徽省国家税务局关于中国工商银行安徽省分行等企业营改增后增值税申报纳税等有关问题的通知》(财税法[2016]573号)第一条第（四）款规定，汇总纳税企业由总机构通过自行取得增值税抵扣凭证、分支机构传递等方式汇总进项税额，由总机构统一申报抵扣。
《四川省国家税务局关于固定业户总分支机构增值税汇总纳税有关税收管理事项的公告》（四川省国家税务局公告2014年第13号）第五条规定，总机构和分支机构购进货物、接受应税劳务和应税服务取得的增值税专用发票，由总机构统一认证。分支机构应当以总机构的名称和纳税人识别号取得增值税专用发票，并在票面注明分支机构名称和纳税人识别号。
2、我公司从一家分公司购买货物，并取得其总机构开具的发票，对方出具跨地区经营总分支机构增值税汇总纳税说明，请问总分支机构增值税汇总缴纳，发票是否应由总机构统一开具？
分析：
《国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点有关税收征收管理事项的公告》（国家税务总局公告2016年第23号）第二条第（五）项规定，采取汇总纳税的金融机构，省、自治区所辖地市以下分支机构可以使用地市级机构统一领取的增值税专用发票、增值税普通发票、增值税电子普通发票；直辖市、计划单列市所辖区县及以下分支机构可以使用直辖市、计划单列市机构统一领取的增值税专用发票、增值税普通发票、增值税电子普通发票。国家税务总局规定总分支机构可以汇总缴纳增值税，但是对除金融机构外总分支机构汇总缴纳增值税的发票的开具和领用没有明确的规定，部分地方税务机关曾出文明确。
《深圳市国家税务局 深圳市财政委员会关于纳税人总分支机构汇总申报缴纳增值税 消费税管理办法的公告》（深圳市国家税务局公告2016年第3号）第五条第（四）项规定，已批准汇总申报纳税的纳税人发票的领购、缴销、认证等管理工作统一由总机构负责，自汇总申报纳税生效之日起，各被汇总单位应当缴销结存发票，以总机构名义开具发票。各被汇总单位不得向税务机关申请领购或代开发票。汇总申报纳税单位之间移送货物不得开具发票。
《吉林省财政厅 国家税务总局吉林省税务局关于印发<总分支机构汇总缴纳增值税管理办法>的通知》（吉财税〔2020〕192号）第十九条规定，汇总缴纳增值税纳税人总分支机构可以向各自所在地主管税务机关申请领购发票，分支机构也可以根据实际经营需要使用总机构统一领取的增值税专用发票和增值税普通发票。
《海南省国家税务局 海南省财政厅关于跨地区经营总分支机构增值税汇总纳税有关事项的公告》第八条规定，总机构可以向其机构所在地主管国税机关统一领取增值税专用发票和普通发票，并下拨给各分支机构使用。总分支机构也可以分别向其机构所在地主管国税机关领用发票。
2. 需要与税务机关确认原分支机构进项留抵税额能否由总机构继承。
3. 需要与税务机关确认总分支机构如何申领和开具发票。
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