1 知识产权问题
(1)知识产权模块只有2021年授权的二类知识产权(实用新型专利、软件著作权)视为无效申报，一票否决;
(2)所有知识产权均为集中大批量申请知识产权会被质疑真实性;
(3)知识产权授权年份比较老,技术的先进程度会被质疑;
(4)与高新产品关联性不大，没有发挥核心支持作用。
《高新技术企业认定管理工作指引》:
高新技术企业认定中，对企业知识产权情况采用分类评价方式，其中：发明专利(含国防专利)、植物新品种、国家级农作物品种、国家新药、国家一级中药保护品种、集成电路布图设计专有权等按I类评价；实用新型专利、外观设计专利、软件著作权等(不含商标)按II类评价。
2 企业申报领域不符
企业主营产品（服务）的领域不属于《国家重点支持的高新技术领域》范围内或所申报的领域选择错误。
《高新技术企业认定管理工作指引》:
国家重点支持的八大高新技术领域：电子信息、生物与新医药、航空航天、新材料、高技术服务、新能源与节能、资源与环境、先进制造与自动化
3 人员问题
(1)社保人数过少，缴纳社保人员≤5人;
(2)科技人员中有兼职和临时聘用人员工作时长不满183天,剔除后人员占比不够;
(3)科技人员人均工资比较低,不符合实际情况。
《高新技术企业认定管理工作指引》:
科技人员是指企业科技人员是指直接从事研发和相关技术创新活动，以及专门从事上述活动的管理和提供直接技术服务的，累计实际工作时间在183天以上的人员，包括在职、兼职和临时聘用人员。
企业职工总数包括企业在职、兼职和临时聘用人员。在职人员可以通过企业是否签订了劳动合同或缴纳社会保险费来鉴别：兼职、临时聘用人员全年须在企业累计工作183天以上。
4 研发费用核算不健全，占比不够
(1)未按照要求在对应科目设置研发费用;
(2)研发费用不合理，比如项目为某产品的研发，但是研发费用中无直接投入费用，这样是不合理的，该项目研发过程一般会有样品、样机试制，会有一些直接消耗的材料费等;
(3)研发项目不被认可，研发项目的文字资料未能体现项目的创新性，不被认为是研发创新活动，专家对此类研发费用归集的合理性存疑，剔除后研发费用占比不够。
《高新技术企业认定管理工作指引》:
研发费用归集范围：人员人工费用、直接投入费用、折旧费用与长期待摊费用、无形资产摊销费用、设计费用、装备调试费用、委托外部研究开发费用、其他费用。
5 高新收入占比不够
(1)有明显属于贸易收入的会被剔除，剔除后导致高新收入占比不够;
(2)有简单的加工包装/组装产品，技术含量低，不符合领域支持，剔除后导致高新收入占比不够;
(3)高新产品的证明材料不足,检测报告不能支撑产品的技术性、创新性,不被专家认可，剔除后导致高新占比不够。
《高新技术企业认定管理工作指引》:
技术性收入包括：技术转让收入；技术服务收入；接受委托研究开发收入。
企业应正确计算高新技术产品（服务）收入，由具有资质并符合本《工作指引》相关条件的中介机构进行专项审计或鉴证。
6 主要产品收入占高新收入比例不够
在高新技术产品（服务）中，有产品没有对应的知识产权,或者对应的关联性不大，专家不认可后剔除，导致占比不满50%。
《高新技术企业认定管理工作指引》:
主要产品（服务）是指高新技术产品(服务)中，拥有在技术上发挥核心支持作用的知识产权的所有权，且收入之和在企业同期高新技术产品（服务）收入中超过50%的产品（服务）。
7 科技成果与转化的产品（服务）无关联
科技成果与转化的产品不贴合，或者转化的证明材料逻辑不对，导致专家不认可，有效转化数低于预期。
《高新技术企业认定管理工作指引》:
科技成果转化形式包括:自行投资实施转化；向他人转让该技术成果；许可他人使用该科技成果；以该科技成果作为合作条件，与他人共同实施转化；以该科技成果作价投资、折算股份或者出资比例；以及其他协商确定的方式。
8 研究开发的组织管理制度不符合企业实际情况、缺少佐证材料
没有根据企业的实际情况去制定制度文件，直接套模板,专家会认为这部分材料不真实，从而评分偏低，大大拉低总分。未提供相关制度执行的佐证材料，比如研发人员绩效奖金发放银行流水/记账证明、科技成果转化奖励发放证明等。
《高新技术企业认定管理工作指引》:
(1)制定了企业研究开发的组织管理制度，建立了研发投入核算体系，编制了研发费用辅助账;
(2)设立了内部科学技术研究开发机构并具备相应的科研条件，与国内外研究开发机构开展多种形式产学研合作:
(3)建立了科技成果转化的组织实施与激励奖励制度，建立开放式的创新创业平台;
(4)建立了科技人员的培养进修、职工技能培训、优秀人才引进，以及人才绩效评价奖励制度。
9 无产学研合作证明只有产学研合作框架协议
产学研框架协议过于简单，或产学研没有提供具体的项目开发合同、发票、进展、成果材料。
10上传的社保资料不齐全不规范
(1)上传材料有遗漏、错乱，比如年审或者所得税纳税申报表少一年，各个模块上传错位等。
(2)因压缩等因素，导致上传的材料不清晰，影响专家评审。
11存在财务问题
(1)审计报告中有保留意见;
(2)所得税纳税申报表自行修改，有作假行为;
(3)财务资料相关数据差异性过大，且未做解释说明。
此列举存在为较多的问题，未过原因还需根据具体企业具体分析
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