一文读懂合伙企业所得税政策的前世今生
原创 陈爱华 站长的PE早餐 6月18日
关于合伙企业的所得税政策，从无到有，从原始规定到逐步发展，经历了一个跌宕起伏的过程。
特别是对于自然人出资取得投资收益应按何税率缴税的问题，曾引起轩然大波。陈老师在书中做了详细介绍，摘录如下。
2000年，源起
为公平税负，支持和鼓励个人投资兴办企业，促进国民经济持续、快速、健康发展，自2000年1月1日起，国务院《关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》（国发〔2000〕16号）明确规定：
1、对个人独资企业和合伙企业停止征收企业所得税，其投资者的生产经营所得，比照个体工商户的生产、经营所得征收个人所得税。
2、具体税收政策的征收办法由国家财税主管部门另行制定。
由此拉开了合伙企业“穿透”征收所得税的序幕。值得一提的是，在21世纪初期，个人独资企业与合伙企业的出资者一般都是自然人，因而国发〔2000〕16号文件强调比照个体工商户的生产经营所得征收个人所得税。
2000年，补充
为落实国发〔2000〕16号文精神，财政部和国家税务总局在2000年9月联合发布《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税〔2000〕91号），2001年发布的《国家税务总局关于〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定〉执行口径的通知》（国税函〔2001〕84号）对财税〔2000〕91号文做出补充规定。
财税〔2000〕91号文明确了个人独资企业和合伙企业范畴、纳税主体、投资者个人的生产经营所得计算方法、个人独资企业/合伙企业的投资者应纳税所得额计算、查账征收时生产经营所得的计算过程、核定征收问题、纳税调整、投资两个以上企业等处理方法、企业亏损弥补问题、投资者个税预缴和汇算清缴问题等，这些基本上都是针对自然人投资者而言的。
与此同时，合伙企业层面取得收益方式可以是直接经营行为、股权投资、债权投资或者其他形式投资等，如果都按照“个体工商户生产、经营所得”项目缴纳个人所得税，适用税率是5%~35%，而自然人投资者直接投资获得股息红利等，按照20%缴纳个人所得税。
出于鼓励投资和公平税负的考虑，国税函〔2001〕84号文第二条明确规定：“个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按‘利息、股息、红利所得’应税项目计算缴纳个人所得税。以合伙企业名义对外投资分回利息或者股息、红利的，应按《通知》所附规定的第五条精神确定各个投资者的利息、股息、红利所得，分别按‘利息、股息、红利所得’应税项目计算缴纳个人所得税”。
然而，对于除利息股息红利之外的其他形式所得项目并没有另行规定，对于自然人投资者而言，最终都需要计算到合伙企业/个人独资企业的收入中，比照“个体工商户生产、经营所得”项目适用5%~35%的税率。
财税〔2000〕91号文发布之后，这一点在实际执行中遇到很大障碍，北京、深圳等地自行出台了相关优惠政策。
与此同时，在查账征收计算生产经营所得时，比照个体工商户个人所得税计税办法（1997年试行、2014年出台正式文件）相关规定确定；投资者费用扣除标准等费用扣除项目随个人所得税相关规定调整（如财税〔2008〕65号《财政部 国家税务总局关于调整个体工商户个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知》、财税〔2011〕62号《财政部 国家税务总局关于调整个体工商户业主个人独资企业和合伙企业自然人投资者个人所得税费用扣除标准的通知》（已废止）、财税〔2018〕98号《财政部 税务总局关于2018年第四季度个人所得税减除费用和税率适用问题的通知》）；个人所得税与企业所得税的纳税申报表表单及填报说明也经常调整。
这些都会影响投资者生产经营所得的计算结果及纳税申报事项。
此外，《中华人民共和国合伙企业法》（以下简称《合伙企业法》）在2006年也做出重要修订；对于合伙企业而言，其合伙人不再局限于自然人，法人和其他组织也可以是合伙企业合伙人，且在我国资本市场中开始多见起来。
2008年，调整
紧接着，《财政部 国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税〔2008〕159号）这个重要的政策出台。财税〔2008〕159号文对合伙企业范围界定、纳税主体、“先分后税”的纳税原则、应纳税所得税计算、每个合伙人应纳税所得额分配方法、亏损弥补、执行时间等具体问题进行了明确。
对于合伙型创业投资的所得税税收优惠，《企业所得税法》第三十一条明确规定，创业投资企业从事国家需要重点扶持和鼓励的创业投资，可以按照投资额的一定比例抵扣应纳税所得额。同时，《企业所得税法实施条例》第九十七条对这一事项进行了细化明确。
2018年，争议
2009—2019这十年间，主体从公司型创投到有限合伙型创投、优惠对象从法人投资者到自然人投资者、投资标的从未上市中小高新企业到种子期初创期的科技企业，享受优惠的范围逐渐扩大，一系列优惠财税政策陆续出台。
我们将在专题27“创业投资税收优惠：历史演进、政策释疑与涉税要点”中另行探讨。
最后，关于合伙制私募基金对外股权转让收益，对于自然人合伙人而言，虽然国家层面政策没有规定按“财产转让所得”项目适用20%税率缴税，但是实务中确实有这么做的。
在2018年8月，税总稽便函〔2018〕88号《国家税务总局稽查局关于2018年股权转让检查工作的指导意见》（已撤）、所得税司第三季度热点答疑等均做了进一步明确，可谓一石激起千层浪。
2019年，优惠
附录：合伙企业相关的重要财税政策
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