一是从众多的个体户手中收购废旧物资，这种回收方式约占回收总量的90%以上，这些个体人员不愿开具增值税发票，即使开具也仅能适用3%的征收率，导致下游企业进项抵扣严重不足。
二是从产废企业购买废旧物资，此种收购比例偏小，回收企业的进项抵扣依然存在巨大缺口。
为解决废旧物资行业存在的问题，我国一直对废旧物资回收经营企业给予税收优惠政策扶持，财政部、国家税务总局《关于废旧物资回收经营业务有关增值税政策的通知》(财税[2001]78号)中“回收企业免征增值税、生产企业按照回收企业开票金额的10%抵扣进项税额”的规定使税收优惠政策力度达到最大，在此期间，全国各地涌现了大量的废旧物资回收企业，许多用废企业“一对一”成立关联的回收企业，以便适用上述税收优惠政策。及至2011年，随着国家政策的转变，废旧物资回收经营业务的税收优惠政策全部取消，但是散户无法提供增值税发票的问题仍然没有得到有效解决，回收企业面临的增值税税负压力及企业所得税税前扣除凭证问题陡然增大，许多回收企业纷纷倒闭。
税收优惠政策取消后，部分地区的废旧物资回收业务不再使用专用发票和收购发票，回收企业从个人散 户收购废旧物资需要取得税务机关代开的发票进行税务处理。而部分地区虽取消了专用发票，却保留了收购发票的使用，允许回收企业自行领购、开具废旧物资收购发票作为企业所得税税前扣除凭证，收购发票增值税税率为零。
此种税务处理，回收企业在发票使用和企业所得税税前扣除方面存在较大的涉税风险。根据《发票管理办法》及《刑法》的相关规定，废旧物资回收或生产企业取得虚开增值税专用发票的，一般也会认定为虚开增值税专用发票，需要承担相应的行政责任甚至刑事责任。但有一种情况例外，即受票方系擅自取得虚开增值税专用发票。
对于废旧物资企业经营中可能遇到的虚开发票行为，企业应当着重做好以下几个方面：
第一，全面了解我国关于虚开增值税专用发票、善 自取得虚开增值税专用发票的相关法律规定。第二，定期进行关于虚开增值税专用发票法律风险的识别与防控。在前期做好虚开增值税专用发票法律风险管理与预防。第三，对于可能被认定虚开增值税专用发票的，应该进行专业、及时的争议应对。第四，作为受票方为了避免被认定为虚开增值税专用发票，承担虚开增值税专用发票的行政责任，甚至刑事责任，就要考虑取得虚开增值税专用发票是否具备以上四个条件，并尽量收集具备四个条件的证据，比如合同、发票、供货单以及发票开具和获取的过程等。
针对回收企业取得发票难、增值税税金无法抵扣的问题，为了发展当地的废旧物资行业，许多地区推 出废旧物资回收企业(主要是废钢铁)在发生销售行为开具增值税专用发票后，可以按照一定比例享受税收返还的优惠政策，并且与企业签订了协议或合同。对于此种情况，根据我国税法规定，地方政府对于地方税收留存部分享有自主支配权，在不超过六 成比例情况下，与企业订立“返还条款”向纳税人返还部分税款合法有效，其实质是地方政府通过自主支配其财政收入鼓励和支持当地产业的发展，则回收企业享受税收返还合理且合法。因此，对回收企业给予增值税优惠是必要的。根据《立法法》、《税收征管法》的规定，此项优惠政策应当由国家财政、税务主管部门制定和颁布实施。
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