操作流程如图
申报结果是补税的可以通过网上办税服务厅或到办税服务大厅办理税款缴纳。申报结果是退税的可以到办税服务大厅办理税款退库或者在以后企业所得税预缴申报后进行抵缴，抵缴操作参照单轨上线业务指导81号。
1.客户端只能安装在具有互联网环境的电脑进行申报，不支持离线介质申报。
2.在金三系统中必须有正确的企业所得税税（费）种认定信息。一是认定有效期必须涵盖2015年1月1日（或2015年开业之日所在第一个申报期起始日期）至2015年12月31日；二是认定记录唯一，存在有效期交叉的多条认定记录的请及时清理。否则会导致下载信息报错。
3.金三系统里2015年度的预缴申报须全面完成，如果缺失，请先补充申报完整，注意不能虚增欠税和滞纳金。
4.确保金三系统里2015年的征收方式正确并唯一，纳税人同一年度内不应该存在两种征收方式。金三系统对企业所得税默认查账征收，如果要实行核定征收，除了正确迁移了有效核定征收方式以外，需要通过核定征收流程进行核定，如果需要将核定征收方式变更为查账征收方式，也通过核定征收流程进行操作。
5.确保金三系统自动带出的信息准确。一是纳税人的基础信息完整准确，可以检查一下税务登记信息是否补录完整准确。否则会影响简化选表和优惠享受。二是本年累计实际已预缴的所得税额实质上是本年已进行月（季）度预缴申报的税款（包括申报未入库）。该数据应准确无误，如有误可以通过“预缴台帐录入-【申报采集岗（管理）】”模块进行维护，注意税款所属期应选择2015年1月1日（或2015年开业之日所在第一个申报期起始日期）至12月31日。三是弥补亏损台账数据准确，可以通过“企业所得税弥补亏损台账录入【申报采集岗（管理）】”进行维护。
6. 确保申报数据逻辑勾稽关系正确，比如业务招待费的调整；高新技术等优惠数据计算及相关表间关系等。
7.申报成功后发现数据有误，可以进行申报作废或更正。
（1）申报作废：如果申报成功后没有缴纳税款，可以在客户端点击操作项的作废按钮进行作废，再修改申报表，然后重新申报。
（2）申报更正：如果申报成功后已经缴纳税款，不能在客户端操作，只能到税务机关办税服务大厅，在金三系统里通过申报更正模块直接进行相关数据的修改录入保存，完成申报更正。
8.纳税人通过客户端下载的核定信息和基本信息包括企业基础信息表数据、本年累计实际已预缴的所得税额、弥补亏损明细表的前五年数据等，纳税人如果发现数据有误，不能在客户端修改，只能联系税务机关在金三系统里维护修改后，再通过客户端下载重新获取。
9.在客户端基础设置模块填写纳税人信息时只有在“特定企业类型”中对“软件企业”、“集成电路设计企业”、创业投资企业（含有限合伙制创业投资企业法人合伙人）、“高新技术企业”勾选后才能享受对应的优惠政策。
因系统原因，目前存在以下情形的纳税人请暂缓进行企业所得税年度纳税申报。
（一）A107040减免所得税优惠明细表第30行和31行“其他2”和“其他3”减免金额需要填写数据的企业；
（二）A107042软件、集成电路企业优惠情况及明细表第35行和39行数据相等的企业；
（三）总机构申报后，分支机构申报时带不出分配比例。因此，分支机构暂缓发送汇算清缴申报。
（四）非货币性资产投资递延纳税调整明细表、居民企业资产（股权）划转特殊性税务处理申报表和企业重组所得税特殊性税务处理报告表暂未完善，涉及上述业务的纳税人暂缓发送申报表。
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