一是部分文件已有新的规定替代，如：《国家税务总局关于酒类产品消费税政策问题的通知》（国税发〔2002〕109号）中的“关于粮食白酒的适用税率问题”，已被《财政部 国家税务总局关于调整和完善消费税政策的通知》（财税〔2006〕33号）中第四条第四项的有关规定替代；
二是部分文件规定的任务已经完成或无需继续执行，如根据目前实施的车辆购置税管理制度，《国家税务总局关于实施违规开具机动车销售统一发票的机动车企业名单公示制度的公告》（2016年第63号）文件规定的管理措施已经不需要继续执行；
三是部分文件的制定依据已被废止，如《国家税务总局关于印发〈增值税一般纳税人资格认定管理办法〉宣传材料的通知》（国税函〔2010〕138号）的基础文件《增值税一般纳税人资格认定管理办法》（国家税务总局令第22号），已被《增值税一般纳税人登记管理办法》（国家税务总局令第43号）废止。
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