船舶在水上运输流动性太强的特点，各项成本费用支出难以取得发票，运费收支难以纳入公司或挂靠船公司核算，因而提供运输服务无法按开具9%增值税发票结算运费；即便船东能按小规模纳税人代开3%增值税发票，托运人无法获得足额抵扣也不愿意接受，宁愿以不含税价（实收价）与船东签订运输合同，这种船东不开票收取运费，长久以来成为行业习惯。
一、“挂靠”开票的税务风险
（一）挂靠经营：
指行为人（挂靠人）以被挂靠公司名义，承接托运人委托运输，与托运人签订运输合同，再以被挂靠公司名义委托船东运输，由船东船舶完成运输后，被挂靠公司开具9%增值税发票给托运人结算运费，收取运费后，再支付运费给船东，这种做法法律并未禁止，符合法律规定。
相关法律规定：
1、最高人民法院研究室（法研[2015]58号）《关于如何认定以“挂靠”有关公司名义实施经营活动并让有关公司为自己虚开增值税专用发票行为的性质》征求意见的复函“（一）、挂靠方以挂靠形式向受票方实际销售货物，被挂靠方向受票方开具增值税专用发票的，不属于刑法第二百零五条规定的“虚开增值税专用发票”。
主要考虑：
(1)由挂靠方适用被挂靠方的经营资格进行经营活动，并向挂靠方支付挂靠费的经营方式在实践中客观存在，且带有一定普遍性。相关法律并未明确禁止以挂靠形式从事经营活动。
(2)虚开增值税专用发票罪是行政犯，对相关入罪要件的判断，应当依据、参照相关行政法规、部门规章等，而根据《国家税务总局关于纳税人对外开具增值税专用发票有关问题的公告》(国家税务总局公告2014年第39号)，挂靠方以挂靠形式向受票方实际销售货物，被挂靠方向受票方开具增值税专用发票的，不属于虚开。
2、国家税务总局（2014年第39号）《关于纳税人对外开具增值税专用发票有关问题的公告》
现将纳税人对外开具增值税专用发票有关问题公告如下：
纳税人通过虚增增值税进项税额偷逃税款，但对外开具增值税专用发票同时符合以下情形的，不属于对外虚开增值税专用发票：
一、纳税人向受票方纳税人销售了货物，或者提供了增值税应税劳务、应税服务；
二、纳税人向受票方纳税人收取了所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务的款项，或者取得了索取销售款项的凭据；
三、纳税人按规定向受票方纳税人开具的增值税专用发票相关内容，与所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务相符，且该增值税专用发票是纳税人合法取得、并以自己名义开具的。
受票方纳税人取得的符合上述情形的增值税专用发票，可以作为增值税扣税凭证抵扣进项税额。
按照上述文件规定，挂靠经营只要符合以下3点，就不属于虚开增值税发票，受票企业可以做为抵扣凭证，依法依规抵扣税款。
1、行为人以被挂靠物流企业为托运人提供了运输服务；
2、所提供的运输服务以被挂靠企业收取了运费；
3、被挂靠企业开具给托运人增值税发票与实际运输服务内容相符。
行为人支付“点数”给被挂靠物流企业属于支付挂靠管理费，被挂靠企业收取管理费属于合理的商业行为，并没有违反法律规定。但实际挂靠经营过程中，往往挂靠人先以自己企业名义从事运输业务，业务结束后，再挂靠物流公司开票，就会导致资金回流，没有以被挂靠物流企业与船东签订运输合同，就会被认定为虚开或代开。因此挂靠经营行为人应事先与被挂靠物流企业签订挂靠协议，从业务开始到结束，始终以被挂靠物流企业分别与托运人、承运人签订运输合同，并按流程办理开票，收付款，才能符合挂靠特征，才能合规规避风险，只有符合挂靠特征和据实开票结算运费，开具的增值税发票才能符合规定，受票企业才能合规抵扣税款。
（二）、据实代开或如实代开。
代开指行为人进行了实际业务，让他人企业为他人或为自己开具与业务相符的增值税发票，也就是“据实代开”或“如实代开”。
根据最高人民法院研究室（法研[2015]58号）《关于如何认定以“挂靠”有关公司名义实施经营活动并让有关公司为自己虚开增值税专用发票行为的性质》征求意见的复函“二、行为人利用他人的名义从事经营活动，并以他人名义开具增值税专用发票的，即便行为人与该他人之间不存在挂靠关系，但如行为人进行了实际的经营活动，主观上并无骗取抵扣税款的故意，客观上也未造成国家增值税款损失的，不宜认定为刑法第二百零五条条规定的“虚开增值税专用发票”;符合逃税罪等其他犯罪构成条件的，可以其他犯罪论处。”之规定，若双方无挂靠关系，让他人公司据实开票，属于“代开行为”，代开行为不属于虚开增值税发票，但税务部门会要求进项转出，补交增值税。
（三）、虚开增值税发票
指行为人无实际业务，而让他人公司为自己为他人开具增值税发票或者开具了与实际业务不相符发票。虚开增值税发票根据案件情节，将会受到行政和刑事双重处罚。
总之，挂靠开票符合挂靠要件，可以合理合法规避风险，受票企业可以依法抵扣税款；进行了实际业务，让他人为自己为他人据实或如实开具增值税发票，属于代开行为，不构成虚开增值税发票，但受票企业抵扣税款需要转出补税，还需要受到税务行政处罚；让他人为自己为他人开具与实际业务不相符的发票，属于虚开行为，需要受到行政和刑事双重处罚。
二、风险管控。
（一）受票企业或托运人的风险管控。
1、审核开票企业资质和降低税负的途径。如果开票企业是享受地方政府税收奖补政策，应要求企业提供以往完税证明和政府文件或协议，证明有纳税并享受税收奖补政策。如果开票企业采用购买油票抵扣税款，纳税较少，因油票抵扣与实际业务逻辑不吻合，会存在进项虚开的风险，一旦出现问题，将牵连下游受票企业，会给下游企业带来麻烦。
2、应按业务执行流程与被挂靠物流企业签订运输合同，支付运费、开票等手续，不得存在资金回流。
（二）被挂靠物流企业的风险管控。
1、与挂靠人签订《挂靠协议》，约定挂靠经营责任；
2、必须依照业务流程分别与托运人、承运人签订运输合同，办理运输货物交接、运费结算等手续；承运人不开票的，应与船东个人签订运输合同；支付船东运费应支付到合同约定的主体对象账户；不得接受事后业务。
3、业务开票应收集运费或货物交接清单，船东身份证、船舶营运证等手续，并审核船舶运输轨迹是否一致性。
（三）承运人（船东）风险管控。
船东个人账户收取运费，应按小规模纳税人申请代开3%（疫情政策1%）增值税发票给挂靠物流企业，并缴纳增值税和个人所得税。若代开票不方便，可与托运人协商通过互联网物流平台签订运输合同，约定由互联网平台代开增值税发票给托运人，由平台代扣代缴个人所得税，解决了长期以往船东个人账户不纳税的风险。（完）
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