近日，财政部对上述建议进行了答复。财政部称，2019年国务院调整完善增值税留抵退税地方分担机制，实行分担机制后，基层财政退税压力有效减轻。针对个别市县存在的退税负担压力大的现实问题，财政部将采取调整收入划分、库款调度、先垫付后结算等措施缓解市县留抵退税压力。同时，及时研究完善相关配套措施，“研究完善省以下留抵退税分担机制”。
增值税纳税人当期销项税款不足以弥补其进项税款时，其差额称为留抵税款。2018年以前，我国对增值税留抵税款不予退税，而是让企业结转下期抵扣。这样做相当于企业预缴税款，占用了企业现金流，对前期投资巨大的制造业、高科技重资产企业不利。
为了减轻企业现金流压力，2018年以后，增值税留抵退税范围和力度不断加大，目前我国所有行业都实行了增值税留抵税额增量部分给予一定比例退税，并对先进制造业给予更优惠退税政策。增值税留抵退税规模已经达到千亿元级别。
中国第一大税种增值税的调整影响深远。2018年增值税收入超6万亿元，占当年全国税收收入比重近40%，部分地方“钱袋子”吃紧，和增值税改革有很大关系。
实行增值税留抵退税过程中，由于增值税流转环节多、流转过程复杂，一项退税可能涉及多种商品，一种商品可能涉及多种原材料和多个缴税地，目前技术手段还难以支撑对留抵退税逐笔逐项追溯其缴税地，就出现了地方退税分担不均问题，一些发达地区征税多，却由欠发达地区退税。
为了解决这一问题，也是确保对企业应退尽退，2019年国务院印发《关于实施更大规模减税降费后调整中央与地方收入划分改革推进方案的通知》，明确增值税留抵退税地方分担的部分（50%），由企业所在地全部负担（50%）调整为先负担15%，其余35%暂由企业所在地垫付，再由各地按上年增值税分享额占比均衡分担，垫付多于应分担的部分由中央财政按月向企业所在地省级财政调库。
财政部表示，中央与地方按“五五”比例分担留抵退税，与现行增值税中央与地方“五五”分享的收入划分体制相对应，遵循了收入分享与退税分担相匹配的原则，“总体上看，实行分担机制后，基层财政退税压力有效减轻”。
但在现行央地分税制财政体制下，部分财政收入紧张的市县仍面临比较突出的退税压力。
有代表提出，探索实施“差异化负担”或“退税预警线”增值税留抵退税机制。财政部表示，目前一些地区实行的省以下分担机制中也采取了量能负担，由经济发展较好、财政收入规模较高地方适当多负担，及时向财力薄弱、留抵退税压力大的市县调拨资金、先垫付后结算等方式，“这具有重要借鉴意义”。
对于部分委员提出的建议财政部增设增值税留抵退税专项转移支付来解决地方财政困难的措施，财政部则回应暂不具有可行性。
近年来，中央财政充分考虑减税降费政策给地方带来的减收压力，进一步加大对地方转移支付力度，缓解地方财政收支矛盾。财政部认为，上述转移支付均为财力性补助，可由地方统筹用于保障和改善民生、缓解留抵退税压力等。
