建筑施工企业流动性大，异地施工项目多，为节约税收等管理成本，并应地方政府要求，其组织形式一般设立分公司或事业部，在项目所在地缴纳增值税、个人所得税和预缴企业所得税，由集团公司在机构所在地汇总缴纳企业所得税。这种核算模式能否享受增量留抵退税政策，应视具体情况而定。如果集团公司承接工程项目投入资金量大，建设周期长，签约后先预收部分工程款，余款在项目竣工验收后分期开票结算，此类项目为垫资项目。这种商业模式可能涉及增量留抵退税。
《关于建筑服务等营改增试点政策的通知》（财税【2017】58号）第二条对建筑业纳税义务时间作了调整，第三条明确了纳税人提供建筑服务取得的预收款，应在收到预收款时，以取得的预收款扣除支付的分包款后的余额，按照本条第三款规定的征收率预缴增值税。按财税【2016】36号附件1第四十五条规定，建筑业纳税义务时间是在发生应税行为并按合同确定的付款日期。
建筑施工企业分公司作为独立增值税纳税义务人，应在项目所在地办理纳税信用等级评定，向其主管税务机关申请增量留抵退税。分公司的业务操作流程为:预收款-工程施工-竣工验收-价款结算。相应的增值税处理为:预缴税款-抵扣进项税-增量留抵退税-缴纳税款。
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